More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1313 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  44.04 
 
 		 994 aa  791    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  68.33 
 
 		 998 aa  1370    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 978 aa  1984    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  66.96 
 
 		 998 aa  1367    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  42.93 
 
 		 990 aa  724    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  40.99 
 
 		 1011 aa  680    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  42.63 
 
 		 986 aa  718    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  41.99 
 
 		 1017 aa  708    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  66.77 
 
 		 998 aa  1362    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  66.67 
 
 		 944 aa  1286    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  40.99 
 
 		 987 aa  647    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  66.87 
 
 		 998 aa  1365    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  51.18 
 
 		 1013 aa  945    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  44.97 
 
 		 984 aa  795    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  40.08 
 
 		 1006 aa  629  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  40.69 
 
 		 967 aa  625  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  40.98 
 
 		 961 aa  619  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  39.14 
 
 		 990 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  38.82 
 
 		 920 aa  571  1e-161  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  37.81 
 
 		 982 aa  561  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  37.81 
 
 		 982 aa  561  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  35.26 
 
 		 1048 aa  553  1e-156  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  37.08 
 
 		 924 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  36.31 
 
 		 923 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  35.47 
 
 		 998 aa  521  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  35.36 
 
 		 1008 aa  522  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 		 1035 aa  506  1e-141  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  35.39 
 
 		 1097 aa  502  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 		 958 aa  488  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  34.45 
 
 		 1109 aa  474  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  35.77 
 
 		 914 aa  462  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  33.47 
 
 		 919 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  31.45 
 
 		 1074 aa  372  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  30.6 
 
 		 984 aa  359  1.9999999999999998e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 961 aa  305  4.0000000000000003e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  44.67 
 
 		 945 aa  301  3e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  43.28 
 
 		 943 aa  281  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 948 aa  270  8e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 934 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 964 aa  262  2e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 894 aa  257  8e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 964 aa  226  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 874 aa  222  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 933 aa  219  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 927 aa  219  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  28.04 
 
 		 906 aa  218  5.9999999999999996e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 902 aa  209  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 881 aa  206  2e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 875 aa  193  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 901 aa  190  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 908 aa  189  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 993 aa  189  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  25.75 
 
 		 954 aa  186  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  27.73 
 
 		 906 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 967 aa  185  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 988 aa  180  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 1010 aa  179  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 988 aa  178  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 976 aa  177  9e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 950 aa  175  2.9999999999999996e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 943 aa  171  5e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  31.66 
 
 		 951 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  31.66 
 
 		 951 aa  168  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  27.84 
 
 		 908 aa  168  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  31.16 
 
 		 951 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 994 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  37.01 
 
 		 900 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 1009 aa  166  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 978 aa  165  3e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 1016 aa  164  9e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  23.38 
 
 		 970 aa  162  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  37.23 
 
 		 845 aa  159  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  35.53 
 
 		 859 aa  157  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 1007 aa  157  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  34.81 
 
 		 878 aa  155  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  34.81 
 
 		 878 aa  155  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  36.93 
 
 		 881 aa  155  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  34.81 
 
 		 878 aa  155  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 1047 aa  154  5.9999999999999996e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  24.82 
 
 		 942 aa  154  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  35.35 
 
 		 1017 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  34.81 
 
 		 878 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  35.08 
 
 		 882 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  35.21 
 
 		 915 aa  153  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  35.69 
 
 		 887 aa  154  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  35.37 
 
 		 887 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  34.4 
 
 		 918 aa  151  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  35.69 
 
 		 870 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 892 aa  149  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  36.1 
 
 		 931 aa  148  6e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  33.53 
 
 		 880 aa  147  9e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  24.95 
 
 		 941 aa  146  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  35.54 
 
 		 892 aa  146  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  40.89 
 
 		 922 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  22.95 
 
 		 960 aa  145  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  37.3 
 
 		 869 aa  145  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 939 aa  145  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  40.56 
 
 		 271 aa  144  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  22.72 
 
 		 959 aa  144  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 939 aa  144  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>