More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2708 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  48.72 
 
 		 888 aa  816    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  81.41 
 
 		 881 aa  1514    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  47.33 
 
 		 874 aa  799    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  48.38 
 
 		 870 aa  835    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  90.96 
 
 		 900 aa  1685    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  44.37 
 
 		 880 aa  748    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 882 aa  1808    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  47.87 
 
 		 869 aa  810    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  48.72 
 
 		 872 aa  806    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  83.43 
 
 		 887 aa  1546    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  83.2 
 
 		 887 aa  1543    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  48.61 
 
 		 874 aa  818    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  47.38 
 
 		 874 aa  806    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  39.85 
 
 		 892 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  33.91 
 
 		 845 aa  434  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  32.35 
 
 		 892 aa  407  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  32.92 
 
 		 964 aa  395  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  33.52 
 
 		 878 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  33.52 
 
 		 878 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  33.52 
 
 		 878 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  33.52 
 
 		 878 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  32.67 
 
 		 859 aa  383  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  31.54 
 
 		 964 aa  364  5.0000000000000005e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 		 875 aa  352  1e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  30.92 
 
 		 868 aa  335  3e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 		 927 aa  333  7.000000000000001e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  30.7 
 
 		 868 aa  329  1.0000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  29.71 
 
 		 875 aa  327  6e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 		 601 aa  301  3e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.51 
 
 		 894 aa  298  2e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  28.54 
 
 		 926 aa  286  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 889 aa  284  5.000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 967 aa  272  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 1047 aa  271  4e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  28.39 
 
 		 902 aa  270  8e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 934 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 1036 aa  266  1e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  60 
 
 		 271 aa  264  6e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 915 aa  256  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 961 aa  249  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.59 
 
 		 940 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 921 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 931 aa  218  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  26.02 
 
 		 942 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 912 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 1035 aa  213  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 940 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  26.68 
 
 		 906 aa  208  3e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 978 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 939 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 943 aa  201  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 901 aa  201  7e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 939 aa  200  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 901 aa  200  1.0000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 885 aa  198  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 938 aa  198  4.0000000000000005e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  25.37 
 
 		 941 aa  197  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 945 aa  196  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 838 aa  195  3e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 904 aa  194  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  26.56 
 
 		 836 aa  191  4e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 936 aa  189  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 936 aa  188  4e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 967 aa  184  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  24.51 
 
 		 954 aa  182  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 944 aa  179  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.92 
 
 		 959 aa  174  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  26.21 
 
 		 908 aa  174  9e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 1010 aa  171  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 971 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 988 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 988 aa  165  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 		 1013 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  41.52 
 
 		 1017 aa  161  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  34.82 
 
 		 958 aa  160  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 1007 aa  160  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  32.32 
 
 		 1109 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  35.55 
 
 		 951 aa  159  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  35.55 
 
 		 951 aa  159  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  35.55 
 
 		 951 aa  158  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  38.89 
 
 		 998 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  33 
 
 		 943 aa  157  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  38.78 
 
 		 1008 aa  157  8e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 958 aa  155  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  33.05 
 
 		 982 aa  155  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  33.05 
 
 		 982 aa  155  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  35.08 
 
 		 978 aa  154  8e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  38.5 
 
 		 986 aa  153  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  38.03 
 
 		 1006 aa  153  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  38.17 
 
 		 914 aa  153  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  36.44 
 
 		 923 aa  152  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  37.55 
 
 		 880 aa  151  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  37 
 
 		 945 aa  151  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  31.99 
 
 		 1097 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  33.44 
 
 		 919 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  39.13 
 
 		 998 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  39.13 
 
 		 998 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  39.13 
 
 		 998 aa  149  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  36.64 
 
 		 990 aa  149  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  36.75 
 
 		 994 aa  145  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>