244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0286 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  61.18 
 
 		 1007 aa  1234    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  48.93 
 
 		 836 aa  768    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 976 aa  1981    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  60.41 
 
 		 1016 aa  1212    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  51.16 
 
 		 942 aa  904    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  62.36 
 
 		 960 aa  1224    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  49.6 
 
 		 940 aa  895    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  51.77 
 
 		 940 aa  912    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  77.94 
 
 		 988 aa  1563    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  63.88 
 
 		 1010 aa  1288    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  50.1 
 
 		 939 aa  899    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  50.1 
 
 		 939 aa  898    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  77.94 
 
 		 988 aa  1562    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  50.15 
 
 		 941 aa  898    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  35.97 
 
 		 959 aa  518  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  34.85 
 
 		 908 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  33.89 
 
 		 908 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  33.89 
 
 		 908 aa  415  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 921 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 912 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  33.99 
 
 		 908 aa  412  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 		 908 aa  403  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 		 906 aa  398  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  32.21 
 
 		 885 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  32.46 
 
 		 918 aa  383  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  32.07 
 
 		 908 aa  377  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  59.01 
 
 		 312 aa  362  1e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  32.02 
 
 		 911 aa  354  4e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 		 943 aa  347  6e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  30.79 
 
 		 919 aa  338  1.9999999999999998e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 921 aa  338  3.9999999999999995e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 		 915 aa  316  1.9999999999999998e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 904 aa  310  5.9999999999999995e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 906 aa  304  4.0000000000000003e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 945 aa  293  1e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 924 aa  284  7.000000000000001e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 946 aa  280  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 951 aa  278  3e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 967 aa  276  1.0000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 951 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 938 aa  275  2.0000000000000002e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 951 aa  272  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  27.01 
 
 		 970 aa  271  5.9999999999999995e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 894 aa  268  4e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 971 aa  266  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 974 aa  265  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 901 aa  263  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 961 aa  257  6e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 1011 aa  252  2e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 958 aa  249  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 948 aa  248  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  27.04 
 
 		 968 aa  240  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 993 aa  238  4e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 1097 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1046 aa  230  8e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 919 aa  229  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 918 aa  229  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 994 aa  227  8e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 922 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 934 aa  218  5e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  24.67 
 
 		 1013 aa  213  1e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 934 aa  212  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 958 aa  210  8e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 933 aa  210  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 978 aa  209  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 918 aa  204  4e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 927 aa  204  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 1013 aa  204  9e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 892 aa  202  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 943 aa  201  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 957 aa  198  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 994 aa  196  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 967 aa  195  4e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 881 aa  194  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 936 aa  188  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 936 aa  187  7e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  24.76 
 
 		 906 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 914 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 1013 aa  184  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  25.23 
 
 		 986 aa  183  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 1048 aa  178  6e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 924 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 942 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 941 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 944 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 990 aa  176  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 926 aa  175  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 945 aa  175  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  24.49 
 
 		 927 aa  174  7.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  24.95 
 
 		 978 aa  172  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 961 aa  172  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 945 aa  172  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  24.51 
 
 		 998 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 1008 aa  165  3e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 923 aa  165  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 944 aa  162  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 1017 aa  161  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 982 aa  161  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 982 aa  161  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 853 aa  160  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>