267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1888 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 906 aa  1840    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  53.22 
 
 		 911 aa  905    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  41.17 
 
 		 919 aa  632  1e-180  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  40.2 
 
 		 908 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  40.09 
 
 		 908 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  39.69 
 
 		 908 aa  620  1e-176  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  39.48 
 
 		 921 aa  613  9.999999999999999e-175  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  37.9 
 
 		 908 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  39.89 
 
 		 906 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  39.64 
 
 		 924 aa  597  1e-169  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  39.03 
 
 		 908 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  35.26 
 
 		 945 aa  483  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 938 aa  472  1.0000000000000001e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  35.46 
 
 		 918 aa  468  9.999999999999999e-131  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  33.51 
 
 		 946 aa  454  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  32.91 
 
 		 943 aa  430  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  31.22 
 
 		 974 aa  380  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 971 aa  379  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 967 aa  379  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 940 aa  331  3e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  28.53 
 
 		 940 aa  327  5e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 908 aa  326  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  29.67 
 
 		 942 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 939 aa  319  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 		 939 aa  319  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  29 
 
 		 941 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 		 988 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  29.48 
 
 		 988 aa  310  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 921 aa  304  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 885 aa  303  7.000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 912 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  29.12 
 
 		 959 aa  300  6e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  29.39 
 
 		 976 aa  300  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 		 1007 aa  297  6e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 1010 aa  281  4e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  27.32 
 
 		 836 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 904 aa  246  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 894 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 901 aa  228  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 859 aa  222  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 915 aa  219  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 963 aa  216  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 918 aa  214  7.999999999999999e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 951 aa  211  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 948 aa  211  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 951 aa  209  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 951 aa  207  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 961 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 869 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  22.94 
 
 		 1013 aa  193  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  32.91 
 
 		 1016 aa  192  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  32.74 
 
 		 960 aa  191  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 929 aa  187  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 881 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 900 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 		 875 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 882 aa  185  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 889 aa  184  9.000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  35.86 
 
 		 312 aa  181  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 922 aa  178  5e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 874 aa  176  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  23.45 
 
 		 970 aa  174  7.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 874 aa  174  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 872 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 888 aa  168  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 934 aa  168  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 920 aa  167  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 964 aa  165  3e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 901 aa  164  7e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 1008 aa  162  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 874 aa  162  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 950 aa  162  3e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 987 aa  162  4e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 		 1074 aa  160  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 958 aa  160  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 836 aa  157  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 924 aa  157  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  23.57 
 
 		 998 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 888 aa  155  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 845 aa  155  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 990 aa  155  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  23.72 
 
 		 998 aa  153  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 838 aa  152  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  23.48 
 
 		 838 aa  150  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  24.32 
 
 		 947 aa  149  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 1035 aa  148  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  35.89 
 
 		 887 aa  144  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 902 aa  142  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  35.48 
 
 		 887 aa  142  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  22.15 
 
 		 919 aa  142  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 935 aa  140  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  32.65 
 
 		 870 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 945 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 881 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  31.54 
 
 		 1013 aa  135  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  25.87 
 
 		 1109 aa  135  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 1097 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 967 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  26.37 
 
 		 878 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  34.21 
 
 		 1046 aa  128  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>