234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2162 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  49 
 
 		 988 aa  740    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  46.11 
 
 		 1007 aa  746    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  81.88 
 
 		 942 aa  1424    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  100 
 
 		 836 aa  1697    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  89.84 
 
 		 940 aa  1566    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  45.83 
 
 		 960 aa  719    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  49 
 
 		 988 aa  740    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  44.58 
 
 		 1016 aa  705    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  47.21 
 
 		 1010 aa  759    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  83.63 
 
 		 940 aa  1463    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  94.02 
 
 		 939 aa  1618    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  94.14 
 
 		 939 aa  1620    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  92.84 
 
 		 941 aa  1600    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  48.04 
 
 		 976 aa  753    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  91.55 
 
 		 312 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  37.23 
 
 		 959 aa  504  1e-141  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  33.53 
 
 		 908 aa  364  5.0000000000000005e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  33.84 
 
 		 908 aa  356  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  33.84 
 
 		 908 aa  355  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  33.73 
 
 		 908 aa  354  5e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  32.83 
 
 		 885 aa  352  1e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  32.64 
 
 		 921 aa  352  2e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 		 912 aa  352  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  33.29 
 
 		 906 aa  349  1e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  32.13 
 
 		 908 aa  328  3e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  31.71 
 
 		 919 aa  316  9.999999999999999e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  30.18 
 
 		 918 aa  301  5e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 938 aa  294  4e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  31.42 
 
 		 908 aa  293  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 943 aa  288  4e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 924 aa  285  2.0000000000000002e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  30.05 
 
 		 921 aa  286  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 		 945 aa  281  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 911 aa  280  6e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 946 aa  277  6e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 906 aa  271  5e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 967 aa  261  4e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 904 aa  254  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 971 aa  249  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 915 aa  247  6e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 901 aa  234  7.000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 894 aa  225  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 961 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 951 aa  218  4e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 951 aa  218  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 951 aa  217  8e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 958 aa  216  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 		 918 aa  216  1.9999999999999998e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  26.24 
 
 		 968 aa  205  4e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  27.02 
 
 		 970 aa  201  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 875 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 948 aa  196  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 900 aa  196  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 881 aa  195  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  25.49 
 
 		 1046 aa  194  5e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  26.56 
 
 		 882 aa  191  4e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 880 aa  191  5e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 922 aa  191  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  26.12 
 
 		 1013 aa  189  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 934 aa  189  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 881 aa  188  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 994 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  26.22 
 
 		 878 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  26.46 
 
 		 878 aa  185  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  26.34 
 
 		 878 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 874 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 887 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 993 aa  184  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 845 aa  184  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  26.34 
 
 		 878 aa  183  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 919 aa  182  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 887 aa  182  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  35.2 
 
 		 974 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  26.25 
 
 		 986 aa  179  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 1011 aa  179  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 964 aa  178  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 931 aa  178  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 978 aa  178  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 918 aa  177  5e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 859 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 1009 aa  171  5e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 933 aa  170  8e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 892 aa  167  5.9999999999999996e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 927 aa  167  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 984 aa  167  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 994 aa  166  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 929 aa  163  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 1017 aa  159  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 934 aa  158  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 957 aa  157  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  24.06 
 
 		 998 aa  156  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 967 aa  156  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 1097 aa  155  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  23.28 
 
 		 906 aa  154  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 958 aa  153  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 868 aa  151  5e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 868 aa  148  4.0000000000000006e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 1048 aa  147  8.000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  32.14 
 
 		 964 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 990 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>