269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3396 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 881 aa  1781    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  32.47 
 
 		 922 aa  369  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  31.5 
 
 		 968 aa  365  2e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 		 978 aa  362  1e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  32.95 
 
 		 918 aa  360  8e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 		 880 aa  353  7e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 		 950 aa  340  9e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  31.02 
 
 		 927 aa  330  8e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  30.61 
 
 		 945 aa  326  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 		 944 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 936 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 936 aa  314  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 875 aa  295  3e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  28.95 
 
 		 954 aa  294  6e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 1009 aa  286  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 951 aa  283  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 951 aa  281  3e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 951 aa  280  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 961 aa  277  7e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 859 aa  273  1e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 894 aa  269  1e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 948 aa  267  7e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 921 aa  265  2e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 914 aa  266  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 912 aa  266  2e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 908 aa  263  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 1097 aa  261  6e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 904 aa  254  5.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 994 aa  251  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 934 aa  251  6e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 888 aa  250  7e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 915 aa  247  4.9999999999999997e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 927 aa  245  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 1013 aa  234  6e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 892 aa  234  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 874 aa  233  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  29.38 
 
 		 947 aa  231  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 885 aa  231  6e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 887 aa  228  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 880 aa  228  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 900 aa  225  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 887 aa  225  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 920 aa  222  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 924 aa  222  3e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  27.5 
 
 		 940 aa  220  7.999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  24.95 
 
 		 986 aa  219  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 874 aa  219  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  27.07 
 
 		 941 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 918 aa  218  2.9999999999999998e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 		 939 aa  218  4e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  27.97 
 
 		 942 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 967 aa  217  7e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 		 939 aa  217  9e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 870 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 933 aa  215  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 869 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 872 aa  213  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 940 aa  213  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 889 aa  212  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 1006 aa  211  6e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  26.26 
 
 		 978 aa  210  8e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 987 aa  202  3e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 976 aa  200  9e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  26.8 
 
 		 919 aa  199  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 957 aa  199  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 853 aa  199  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  25.64 
 
 		 960 aa  198  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 929 aa  198  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 906 aa  197  8.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 943 aa  195  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 874 aa  194  5e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  27.48 
 
 		 836 aa  194  6e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 931 aa  193  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 988 aa  189  3e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 988 aa  188  3e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 1010 aa  187  7e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 1007 aa  184  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 836 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 964 aa  181  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 998 aa  179  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 990 aa  175  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 906 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 1011 aa  175  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  25.91 
 
 		 998 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  25.97 
 
 		 998 aa  174  9e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 1083 aa  173  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  25.91 
 
 		 998 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 984 aa  170  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 1016 aa  167  9e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  36.88 
 
 		 1158 aa  166  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 842 aa  165  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  25.42 
 
 		 838 aa  165  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 838 aa  165  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  40.47 
 
 		 958 aa  164  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 994 aa  163  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  34.31 
 
 		 1109 aa  162  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  25.84 
 
 		 944 aa  162  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 601 aa  154  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  32.08 
 
 		 936 aa  154  8.999999999999999e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  24.83 
 
 		 972 aa  153  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>