243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0587 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 		 959 aa  1948    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  38.67 
 
 		 942 aa  600  1e-170  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  38.89 
 
 		 940 aa  599  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  38.31 
 
 		 939 aa  579  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  38.21 
 
 		 939 aa  579  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  37.37 
 
 		 940 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  37.9 
 
 		 941 aa  575  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  37.75 
 
 		 988 aa  544  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  37.8 
 
 		 988 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  35.54 
 
 		 1007 aa  539  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  35.88 
 
 		 1016 aa  537  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  35.63 
 
 		 960 aa  530  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  35.97 
 
 		 976 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  35.62 
 
 		 1010 aa  514  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  37.23 
 
 		 836 aa  504  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 		 908 aa  327  5e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  29.8 
 
 		 908 aa  327  8.000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 908 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  28.41 
 
 		 943 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 906 aa  310  9e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  29.9 
 
 		 908 aa  307  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  29.81 
 
 		 908 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 		 908 aa  302  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 906 aa  300  7e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 945 aa  295  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 946 aa  295  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  29.69 
 
 		 921 aa  290  7e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 938 aa  281  3e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 921 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 911 aa  281  5e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 967 aa  276  1.0000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  27.54 
 
 		 919 aa  275  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 912 aa  275  3e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 974 aa  271  4e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 971 aa  268  5e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  25.92 
 
 		 1013 aa  262  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 885 aa  259  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  50 
 
 		 312 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 901 aa  253  2e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  26.44 
 
 		 970 aa  246  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 958 aa  244  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 915 aa  241  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 961 aa  240  8e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 904 aa  238  5.0000000000000005e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 1011 aa  229  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  26.52 
 
 		 1046 aa  223  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 951 aa  220  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 951 aa  220  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 951 aa  220  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 963 aa  213  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 994 aa  211  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 1013 aa  205  3e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  25.2 
 
 		 968 aa  203  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 948 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 934 aa  194  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 994 aa  189  3e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  24.17 
 
 		 878 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  24.52 
 
 		 878 aa  185  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 900 aa  185  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  24.17 
 
 		 878 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 892 aa  184  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  24.06 
 
 		 878 aa  183  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 887 aa  181  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 919 aa  180  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 887 aa  180  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 881 aa  179  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 984 aa  177  9.999999999999999e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 874 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 872 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 934 aa  175  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 874 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 882 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 927 aa  173  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 888 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  34.29 
 
 		 918 aa  169  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 993 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 845 aa  168  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  22.62 
 
 		 920 aa  167  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 964 aa  165  5.0000000000000005e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 924 aa  164  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 922 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 1013 aa  161  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 		 894 aa  161  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 874 aa  159  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  36.75 
 
 		 924 aa  156  2e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 1083 aa  155  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  21.98 
 
 		 998 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 917 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 1017 aa  152  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  21.89 
 
 		 998 aa  151  6e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  21.87 
 
 		 998 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  22.65 
 
 		 998 aa  149  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 1048 aa  147  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  22.96 
 
 		 1074 aa  147  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 1006 aa  146  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 1011 aa  145  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  22.72 
 
 		 990 aa  143  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  22.83 
 
 		 978 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  30.91 
 
 		 918 aa  140  8.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  28.99 
 
 		 986 aa  139  3.0000000000000003e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>