225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0696 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  100 
 
 		 970 aa  1980    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  35.25 
 
 		 1013 aa  555  1e-156  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  32.73 
 
 		 963 aa  511  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 		 1011 aa  485  1e-135  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  33.37 
 
 		 1046 aa  470  1.0000000000000001e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 908 aa  319  1e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 988 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 988 aa  283  8.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 885 aa  282  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  28.03 
 
 		 960 aa  275  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 904 aa  275  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 976 aa  273  9e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 1007 aa  271  5e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 901 aa  269  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  26.65 
 
 		 959 aa  255  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  26.75 
 
 		 908 aa  253  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 915 aa  251  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 1016 aa  249  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 906 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 908 aa  244  5e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 908 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 939 aa  243  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 939 aa  243  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.83 
 
 		 908 aa  241  5e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 951 aa  241  5e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 951 aa  241  5e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  28.1 
 
 		 968 aa  239  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  26.68 
 
 		 941 aa  239  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 940 aa  238  3e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.73 
 
 		 908 aa  238  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 1010 aa  237  7e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 943 aa  237  8e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 951 aa  234  5e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  26.08 
 
 		 919 aa  229  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 945 aa  226  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 978 aa  227  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 894 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  26.17 
 
 		 918 aa  223  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 921 aa  222  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  27.14 
 
 		 942 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.46 
 
 		 940 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 922 aa  214  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  27.1 
 
 		 836 aa  210  8e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  24.98 
 
 		 958 aa  205  4e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  22.72 
 
 		 918 aa  204  9e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 994 aa  199  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 911 aa  198  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 1009 aa  196  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 936 aa  195  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 936 aa  194  5e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  24.67 
 
 		 986 aa  192  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 945 aa  191  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 875 aa  191  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 924 aa  190  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 1097 aa  188  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 919 aa  181  7e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  24.43 
 
 		 998 aa  180  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 944 aa  180  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 943 aa  179  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  24.43 
 
 		 998 aa  179  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 892 aa  179  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  24.34 
 
 		 998 aa  179  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 974 aa  177  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 927 aa  177  9e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 971 aa  175  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 		 906 aa  175  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 958 aa  174  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 998 aa  173  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  23.15 
 
 		 945 aa  172  3e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 931 aa  171  5e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 938 aa  171  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 1074 aa  169  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  24.43 
 
 		 944 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 929 aa  166  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 853 aa  165  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 924 aa  165  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 933 aa  165  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  23.28 
 
 		 978 aa  164  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  24.35 
 
 		 954 aa  162  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  22.71 
 
 		 967 aa  160  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  23.94 
 
 		 920 aa  160  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 993 aa  155  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  23.43 
 
 		 972 aa  154  8.999999999999999e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 950 aa  153  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 		 921 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 		 912 aa  148  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  31.75 
 
 		 312 aa  147  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  31.12 
 
 		 914 aa  145  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  28.88 
 
 		 1109 aa  145  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  22.89 
 
 		 984 aa  141  6e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  32.06 
 
 		 1083 aa  137  9.999999999999999e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 967 aa  135  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.62 
 
 		 948 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 		 1006 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 		 1011 aa  131  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 		 1158 aa  130  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 880 aa  129  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 888 aa  129  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 1013 aa  128  6e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 1035 aa  125  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>