More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2942 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  50.39 
 
 		 874 aa  832    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  50.22 
 
 		 874 aa  843    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  83.09 
 
 		 881 aa  1543    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  84.1 
 
 		 900 aa  1579    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  50.11 
 
 		 869 aa  844    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  50.11 
 
 		 870 aa  860    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  83.43 
 
 		 882 aa  1559    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  50.72 
 
 		 872 aa  842    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  45.95 
 
 		 880 aa  780    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  50.88 
 
 		 888 aa  851    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 887 aa  1819    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  51.5 
 
 		 874 aa  850    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  99.21 
 
 		 887 aa  1805    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  43.34 
 
 		 892 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 845 aa  435  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  33.89 
 
 		 892 aa  425  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  35.22 
 
 		 878 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  35.34 
 
 		 878 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  35.34 
 
 		 878 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  35.23 
 
 		 878 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 964 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  32.32 
 
 		 859 aa  389  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  31.39 
 
 		 964 aa  362  1e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  32.26 
 
 		 927 aa  351  3e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 875 aa  350  8e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  35.84 
 
 		 601 aa  337  5e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 875 aa  333  6e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 		 868 aa  330  5.0000000000000004e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 868 aa  323  7e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 894 aa  307  5.0000000000000004e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 889 aa  296  8e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 926 aa  293  1e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  65.99 
 
 		 271 aa  289  1e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 902 aa  290  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 1036 aa  288  2.9999999999999996e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 		 951 aa  264  4e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 951 aa  264  4e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 961 aa  252  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 948 aa  252  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 919 aa  247  8e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 881 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 931 aa  218  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  25.79 
 
 		 940 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  26.89 
 
 		 942 aa  213  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 921 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 978 aa  209  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 908 aa  207  5e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 912 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 1035 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 901 aa  201  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  24.76 
 
 		 941 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 940 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 939 aa  198  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 984 aa  198  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 939 aa  196  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 838 aa  194  4e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 904 aa  192  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 945 aa  192  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  23.83 
 
 		 885 aa  191  7e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  26.14 
 
 		 836 aa  189  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 943 aa  188  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  24.56 
 
 		 960 aa  186  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  25.8 
 
 		 959 aa  187  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  26.31 
 
 		 908 aa  183  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 938 aa  182  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 908 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 908 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  47.03 
 
 		 1047 aa  180  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 944 aa  178  3e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 988 aa  177  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 988 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 836 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  43.67 
 
 		 1017 aa  170  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  35.14 
 
 		 982 aa  168  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  35.14 
 
 		 982 aa  168  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  35.2 
 
 		 1013 aa  168  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 945 aa  167  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  39.66 
 
 		 998 aa  163  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  40.98 
 
 		 1008 aa  162  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  35.41 
 
 		 951 aa  162  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  37.29 
 
 		 967 aa  161  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 946 aa  160  9e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  40.26 
 
 		 986 aa  159  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  36.48 
 
 		 934 aa  158  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  35.37 
 
 		 978 aa  158  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  37.55 
 
 		 1006 aa  157  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  32.12 
 
 		 1109 aa  156  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  37.93 
 
 		 945 aa  156  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  32.12 
 
 		 943 aa  154  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  39.84 
 
 		 915 aa  154  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  33.22 
 
 		 924 aa  153  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  38.98 
 
 		 1017 aa  152  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  32.98 
 
 		 958 aa  151  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  23.38 
 
 		 838 aa  151  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 880 aa  151  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 942 aa  151  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  35.05 
 
 		 906 aa  151  6e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 958 aa  151  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  35.86 
 
 		 990 aa  151  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  36.86 
 
 		 994 aa  149  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>