More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1397 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  39.26 
 
 		 998 aa  652    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  57.88 
 
 		 994 aa  1184    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  42.56 
 
 		 990 aa  740    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  38.51 
 
 		 998 aa  652    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  100 
 
 		 986 aa  2019    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  43.22 
 
 		 1017 aa  729    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  39.26 
 
 		 998 aa  651    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  40.54 
 
 		 987 aa  676    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  41.64 
 
 		 984 aa  712    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  38.96 
 
 		 998 aa  652    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  42.83 
 
 		 978 aa  728    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  39.05 
 
 		 1013 aa  635  1e-180  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  39.24 
 
 		 967 aa  617  1e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  38.66 
 
 		 944 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  36.9 
 
 		 990 aa  600  1e-170  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  39.12 
 
 		 1006 aa  596  1e-169  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  37.43 
 
 		 982 aa  585  1e-166  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  37.43 
 
 		 982 aa  585  1e-166  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  38.07 
 
 		 961 aa  546  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  37.92 
 
 		 945 aa  536  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  35.64 
 
 		 998 aa  535  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  37.58 
 
 		 924 aa  534  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  35.93 
 
 		 1011 aa  528  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  35.37 
 
 		 923 aa  524  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  34.41 
 
 		 1048 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  34.72 
 
 		 1008 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  36.22 
 
 		 943 aa  504  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  34.36 
 
 		 1097 aa  499  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  34.93 
 
 		 1035 aa  499  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  34.82 
 
 		 958 aa  491  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  34.03 
 
 		 1109 aa  484  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  34.95 
 
 		 914 aa  476  1e-133  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  34.38 
 
 		 919 aa  451  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  30.93 
 
 		 1074 aa  380  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  40.12 
 
 		 920 aa  321  3.9999999999999996e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 		 961 aa  318  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 984 aa  316  9.999999999999999e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 951 aa  291  6e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 951 aa  290  1e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 		 951 aa  289  2e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.5 
 
 		 948 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 927 aa  250  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 892 aa  239  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 874 aa  229  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  26.58 
 
 		 906 aa  229  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 870 aa  227  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 926 aa  227  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 880 aa  224  7e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 874 aa  222  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 869 aa  222  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 874 aa  221  5e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 957 aa  221  7e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 958 aa  220  7.999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 933 aa  219  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  26.36 
 
 		 927 aa  218  5.9999999999999996e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 872 aa  218  5.9999999999999996e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 888 aa  218  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 943 aa  215  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 939 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 		 939 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 978 aa  213  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 1047 aa  213  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.09 
 
 		 940 aa  211  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  25.8 
 
 		 942 aa  209  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  25.39 
 
 		 941 aa  207  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 967 aa  206  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 901 aa  206  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 881 aa  203  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 940 aa  202  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.36 
 
 		 908 aa  202  3e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 908 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  24.97 
 
 		 908 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.15 
 
 		 908 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.49 
 
 		 959 aa  198  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  27.14 
 
 		 954 aa  197  7e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 934 aa  197  9e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 922 aa  194  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 921 aa  193  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  24.98 
 
 		 970 aa  190  9e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  23.47 
 
 		 919 aa  190  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 945 aa  190  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 976 aa  189  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 1012 aa  189  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  26.25 
 
 		 836 aa  189  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 908 aa  189  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 944 aa  188  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  25.2 
 
 		 960 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 934 aa  185  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 906 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 904 aa  182  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 1010 aa  176  2.9999999999999996e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 902 aa  169  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  37.46 
 
 		 918 aa  169  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  37.62 
 
 		 931 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 1007 aa  167  9e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 988 aa  164  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 988 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 894 aa  160  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  39.74 
 
 		 900 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  34.93 
 
 		 915 aa  155  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>