More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2547 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  54.8 
 
 		 920 aa  961    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  51.13 
 
 		 923 aa  917    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 924 aa  1885    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  56.15 
 
 		 945 aa  1038    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  39.26 
 
 		 967 aa  610  1e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  37.24 
 
 		 994 aa  540  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  37.08 
 
 		 978 aa  535  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  35.72 
 
 		 1109 aa  530  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  37.37 
 
 		 986 aa  528  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  36.33 
 
 		 1097 aa  524  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  36.46 
 
 		 943 aa  522  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  35.92 
 
 		 958 aa  513  1e-144  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  35.98 
 
 		 984 aa  516  1e-144  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  35.44 
 
 		 982 aa  508  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  35.44 
 
 		 982 aa  508  9.999999999999999e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  35.39 
 
 		 1006 aa  504  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  37.06 
 
 		 914 aa  502  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 		 1013 aa  497  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  35.41 
 
 		 998 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  35.41 
 
 		 998 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  35.41 
 
 		 998 aa  493  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  34.53 
 
 		 998 aa  482  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  34.45 
 
 		 1017 aa  482  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  35.41 
 
 		 961 aa  472  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  34.85 
 
 		 990 aa  473  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  32.97 
 
 		 998 aa  473  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  35.19 
 
 		 944 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  33.57 
 
 		 1008 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  34.37 
 
 		 987 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 		 919 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  32.27 
 
 		 1011 aa  413  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  33.48 
 
 		 1074 aa  400  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 		 984 aa  372  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  32.8 
 
 		 1035 aa  339  9.999999999999999e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  32.58 
 
 		 1048 aa  339  9.999999999999999e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  39.48 
 
 		 990 aa  317  7e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 961 aa  291  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 948 aa  279  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 894 aa  277  8e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 934 aa  267  7e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 951 aa  258  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 951 aa  257  7e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 951 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 918 aa  252  2e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 915 aa  247  8e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 874 aa  229  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 927 aa  228  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 859 aa  225  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 874 aa  225  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 870 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 888 aa  221  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 872 aa  218  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 869 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 874 aa  214  7.999999999999999e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 931 aa  213  9e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 964 aa  213  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 881 aa  212  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 957 aa  211  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 892 aa  211  4e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 933 aa  210  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 880 aa  208  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 875 aa  207  7e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  25.2 
 
 		 954 aa  196  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  26.85 
 
 		 908 aa  195  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  26.75 
 
 		 908 aa  194  6e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 908 aa  193  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 934 aa  191  5.999999999999999e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 918 aa  191  8e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 967 aa  188  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 964 aa  187  6e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 936 aa  187  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 906 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 936 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 902 aa  186  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 993 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 929 aa  182  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 922 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  26.63 
 
 		 908 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 994 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 908 aa  181  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 978 aa  178  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 976 aa  177  8e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 943 aa  177  9e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 950 aa  172  3e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 845 aa  167  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  24.11 
 
 		 988 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 838 aa  165  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 901 aa  165  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 988 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  22.95 
 
 		 959 aa  164  6e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  36.75 
 
 		 878 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  36.42 
 
 		 878 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  36.42 
 
 		 878 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  36.42 
 
 		 878 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 836 aa  162  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  23.96 
 
 		 970 aa  160  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 911 aa  158  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 892 aa  154  8.999999999999999e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 906 aa  151  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 		 1047 aa  151  6e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>