247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0559 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  59.03 
 
 		 1007 aa  1197    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  45.83 
 
 		 836 aa  719    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  100 
 
 		 960 aa  1950    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  61.83 
 
 		 988 aa  1202    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  47.4 
 
 		 940 aa  853    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  46.94 
 
 		 940 aa  843    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  61.83 
 
 		 988 aa  1202    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  59.34 
 
 		 1010 aa  1201    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  46.1 
 
 		 942 aa  827    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  64.94 
 
 		 976 aa  1222    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  56.76 
 
 		 1016 aa  1149    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  47.44 
 
 		 939 aa  852    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  47.34 
 
 		 939 aa  849    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  47.75 
 
 		 941 aa  846    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  35.63 
 
 		 959 aa  530  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  31.63 
 
 		 908 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  31.26 
 
 		 908 aa  378  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 906 aa  378  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 908 aa  376  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  30.4 
 
 		 908 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  30.3 
 
 		 908 aa  365  3e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  60 
 
 		 312 aa  362  2e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  31.43 
 
 		 885 aa  355  2.9999999999999997e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 		 921 aa  342  2e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  30.76 
 
 		 912 aa  342  2e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  28.7 
 
 		 918 aa  327  5e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  29.42 
 
 		 921 aa  322  1.9999999999999998e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  27.85 
 
 		 919 aa  306  1.0000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 938 aa  298  3e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 946 aa  288  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  28.08 
 
 		 911 aa  287  8e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 915 aa  273  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 943 aa  273  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 904 aa  272  2e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  27.58 
 
 		 970 aa  268  5e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 945 aa  266  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 974 aa  255  3e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 971 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 967 aa  253  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 901 aa  243  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  25.81 
 
 		 1013 aa  239  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 951 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 951 aa  233  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 951 aa  233  1e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 961 aa  233  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 958 aa  230  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 933 aa  219  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 1011 aa  219  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  26.39 
 
 		 968 aa  219  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 918 aa  219  2e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  25.55 
 
 		 1046 aa  218  5e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  35.97 
 
 		 908 aa  217  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 948 aa  213  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 880 aa  212  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  24.98 
 
 		 922 aa  206  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 934 aa  204  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 993 aa  204  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 931 aa  201  7e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 994 aa  193  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 		 919 aa  192  2.9999999999999997e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 		 906 aa  191  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 927 aa  189  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 934 aa  188  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 918 aa  188  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  24.45 
 
 		 906 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 881 aa  183  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  25.02 
 
 		 986 aa  182  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 		 887 aa  181  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 892 aa  179  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  25.42 
 
 		 845 aa  178  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 994 aa  178  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 887 aa  178  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 1009 aa  169  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  32.29 
 
 		 924 aa  168  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  23.43 
 
 		 1013 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  22.96 
 
 		 875 aa  167  6.9999999999999995e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  22.62 
 
 		 967 aa  165  3e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 990 aa  164  9e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 958 aa  163  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 1158 aa  161  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  23.35 
 
 		 945 aa  161  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 935 aa  159  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 942 aa  157  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 1048 aa  154  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 963 aa  150  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 961 aa  149  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  22.36 
 
 		 998 aa  149  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 982 aa  147  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 982 aa  147  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  22.81 
 
 		 998 aa  146  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  22.81 
 
 		 998 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  22.07 
 
 		 1074 aa  144  7e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  22.85 
 
 		 978 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  24.69 
 
 		 998 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 		 924 aa  142  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 1017 aa  141  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 1006 aa  141  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 950 aa  139  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 923 aa  138  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 920 aa  134  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>