260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1888 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  52.73 
 
 		 976 aa  895    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  48.29 
 
 		 1007 aa  882    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  81.53 
 
 		 940 aa  1618    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  82 
 
 		 836 aa  1436    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  49.45 
 
 		 988 aa  865    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  49.35 
 
 		 988 aa  863    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  46.27 
 
 		 960 aa  834    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 942 aa  1922    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  47.74 
 
 		 1010 aa  876    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  83.65 
 
 		 940 aa  1643    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  81.25 
 
 		 941 aa  1600    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  46.39 
 
 		 1016 aa  830    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  83.33 
 
 		 939 aa  1640    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  83.23 
 
 		 939 aa  1637    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  38.67 
 
 		 959 aa  604  1.0000000000000001e-171  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  80.2 
 
 		 312 aa  496  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  33.57 
 
 		 908 aa  421  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  33.3 
 
 		 921 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  33.3 
 
 		 912 aa  412  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  33.3 
 
 		 908 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  33.81 
 
 		 908 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  33.71 
 
 		 908 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 906 aa  394  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  32.75 
 
 		 908 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  31.99 
 
 		 919 aa  382  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 		 885 aa  382  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  32.77 
 
 		 908 aa  371  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 		 921 aa  363  6e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  29.89 
 
 		 918 aa  361  3e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  29.64 
 
 		 943 aa  334  5e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 938 aa  334  6e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  29.29 
 
 		 946 aa  332  1e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 		 906 aa  332  2e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 		 924 aa  325  2e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 911 aa  325  4e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 945 aa  324  4e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  30.21 
 
 		 915 aa  295  3e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 894 aa  282  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 904 aa  281  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 971 aa  279  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 974 aa  276  2.0000000000000002e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 967 aa  271  5e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 961 aa  265  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 951 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 951 aa  253  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 951 aa  253  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 918 aa  251  6e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 901 aa  248  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  25.97 
 
 		 1013 aa  247  8e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 1011 aa  238  3e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 934 aa  238  4e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 948 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  27.22 
 
 		 878 aa  229  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  27.12 
 
 		 878 aa  228  4e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 900 aa  228  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  25.75 
 
 		 1046 aa  228  6e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 875 aa  228  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 958 aa  226  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  27.02 
 
 		 878 aa  226  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  27.02 
 
 		 878 aa  225  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 882 aa  220  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 881 aa  220  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  27.39 
 
 		 970 aa  217  9e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  26.51 
 
 		 968 aa  217  9e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 881 aa  213  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 887 aa  212  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 1009 aa  213  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 880 aa  211  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 978 aa  209  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 887 aa  210  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 1048 aa  207  5e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 922 aa  206  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 929 aa  205  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 892 aa  205  4e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 845 aa  204  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 994 aa  203  9e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  25.89 
 
 		 986 aa  203  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 918 aa  199  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 874 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 993 aa  197  6e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 967 aa  197  9e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 931 aa  196  2e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  24.29 
 
 		 906 aa  194  5e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 933 aa  190  9e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 859 aa  188  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 1097 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 957 aa  181  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 994 aa  181  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 919 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 984 aa  174  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 917 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 990 aa  172  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 943 aa  171  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 934 aa  167  9e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  24.55 
 
 		 954 aa  166  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2159  TonB domain-containing protein  75.76 
 
 		 99 aa  163  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 979 aa  163  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 942 aa  162  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 945 aa  162  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 1074 aa  162  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>