More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3836 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  62.76 
 
 		 943 aa  1194    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  45.31 
 
 		 1074 aa  868    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  63.93 
 
 		 1109 aa  1439    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  70.3 
 
 		 958 aa  1381    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1097 aa  2254    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  40.97 
 
 		 914 aa  629  1e-178  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  39.07 
 
 		 919 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  38 
 
 		 967 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  37.25 
 
 		 945 aa  543  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  35.9 
 
 		 920 aa  525  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  35.12 
 
 		 923 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  36.33 
 
 		 924 aa  524  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  34.8 
 
 		 994 aa  501  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  35.39 
 
 		 978 aa  499  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  34.13 
 
 		 986 aa  495  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  34.65 
 
 		 982 aa  486  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  34.65 
 
 		 982 aa  486  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  33.56 
 
 		 998 aa  481  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  33.79 
 
 		 990 aa  480  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  33.3 
 
 		 998 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  32.44 
 
 		 1008 aa  451  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  32.92 
 
 		 998 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  33.02 
 
 		 998 aa  446  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 		 984 aa  442  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  33.4 
 
 		 1006 aa  431  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  33.1 
 
 		 944 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  32.46 
 
 		 990 aa  402  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  30.37 
 
 		 951 aa  365  2e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  30.47 
 
 		 951 aa  364  5.0000000000000005e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 		 951 aa  363  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 948 aa  348  4e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 934 aa  347  7e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 961 aa  345  2e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  31.69 
 
 		 894 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 915 aa  288  4e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  41.13 
 
 		 998 aa  271  7e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 957 aa  263  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  27 
 
 		 927 aa  260  9e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 918 aa  258  6e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 945 aa  251  4e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 881 aa  250  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  27.82 
 
 		 908 aa  250  1e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  39.42 
 
 		 1017 aa  248  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 922 aa  248  3e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  39.76 
 
 		 1013 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 934 aa  243  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  38.82 
 
 		 984 aa  241  4e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 938 aa  239  3e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  37.71 
 
 		 1011 aa  236  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  26.49 
 
 		 908 aa  237  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 976 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 958 aa  236  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 908 aa  235  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  26.51 
 
 		 908 aa  234  5e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  36.95 
 
 		 987 aa  233  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 946 aa  232  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  27.02 
 
 		 954 aa  231  8e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  34.75 
 
 		 961 aa  230  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 908 aa  228  5.0000000000000005e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 1009 aa  226  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 936 aa  226  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 994 aa  226  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  37.76 
 
 		 1048 aa  225  4e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 974 aa  224  6e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 936 aa  224  6e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 967 aa  224  9e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 902 aa  220  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 1007 aa  215  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 911 aa  214  4.9999999999999996e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 1016 aa  214  5.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  25.28 
 
 		 918 aa  213  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  35.48 
 
 		 1035 aa  213  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 943 aa  213  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 971 aa  212  4e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 906 aa  211  9e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 1010 aa  208  6e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 838 aa  206  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 921 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 1012 aa  198  5.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 912 aa  193  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  39.02 
 
 		 859 aa  190  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 940 aa  188  4e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  36.3 
 
 		 927 aa  186  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.06 
 
 		 940 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 939 aa  186  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 939 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  24.97 
 
 		 942 aa  181  9e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  25.68 
 
 		 941 aa  179  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  23.84 
 
 		 970 aa  179  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  37.03 
 
 		 906 aa  179  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  38.52 
 
 		 875 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.76 
 
 		 992 aa  174  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  33.92 
 
 		 964 aa  172  2e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  33.06 
 
 		 892 aa  171  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  38.91 
 
 		 929 aa  169  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  34.21 
 
 		 931 aa  168  4e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  37.72 
 
 		 878 aa  164  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  33.24 
 
 		 888 aa  163  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  21.57 
 
 		 1013 aa  161  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  37.02 
 
 		 878 aa  160  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>