291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1840 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 880 aa  1772    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 		 881 aa  340  5.9999999999999996e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 922 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  31.13 
 
 		 927 aa  327  5e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 958 aa  317  9e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 859 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 		 993 aa  298  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  27.92 
 
 		 954 aa  296  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  30.03 
 
 		 951 aa  295  2e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 		 951 aa  295  3e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  29.06 
 
 		 875 aa  292  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 		 951 aa  291  4e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  29.39 
 
 		 968 aa  290  1e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 918 aa  284  6.000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 894 aa  283  9e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 		 936 aa  282  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 		 936 aa  282  2e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 948 aa  281  3e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 945 aa  279  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 		 915 aa  279  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 978 aa  278  3e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 961 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 950 aa  273  8.000000000000001e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 994 aa  272  2e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 934 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 944 aa  271  4e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 927 aa  270  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  28.65 
 
 		 878 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 1083 aa  269  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  28.34 
 
 		 878 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  28.43 
 
 		 878 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  28.65 
 
 		 878 aa  266  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 908 aa  266  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 888 aa  259  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 925 aa  244  5e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 874 aa  244  7e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 904 aa  240  8e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 869 aa  239  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 945 aa  231  5e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 936 aa  228  3e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  27.22 
 
 		 986 aa  224  7e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 853 aa  223  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 836 aa  220  7.999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  25.71 
 
 		 838 aa  220  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 929 aa  218  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  27.09 
 
 		 960 aa  212  3e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  27.68 
 
 		 942 aa  210  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 944 aa  206  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 942 aa  206  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 939 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 941 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 		 939 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  27.47 
 
 		 941 aa  202  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 940 aa  201  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 842 aa  200  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 917 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 943 aa  196  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 901 aa  195  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  27.21 
 
 		 836 aa  191  5e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 838 aa  187  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  35.76 
 
 		 947 aa  186  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 945 aa  183  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 885 aa  182  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 911 aa  179  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  25.03 
 
 		 972 aa  178  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  23.84 
 
 		 1046 aa  177  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 918 aa  176  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 986 aa  173  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  30.25 
 
 		 912 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  26.33 
 
 		 992 aa  167  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  30.02 
 
 		 921 aa  167  8e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 892 aa  159  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 		 601 aa  158  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 845 aa  158  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 935 aa  157  6e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 746 aa  157  6e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  37.29 
 
 		 900 aa  157  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  39.24 
 
 		 881 aa  157  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  33.52 
 
 		 892 aa  156  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 961 aa  155  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  40.85 
 
 		 943 aa  154  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  32.87 
 
 		 958 aa  153  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  37.55 
 
 		 882 aa  151  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 887 aa  151  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 887 aa  151  6e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  32.22 
 
 		 933 aa  148  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  31.83 
 
 		 926 aa  145  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  32.3 
 
 		 880 aa  145  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  38.63 
 
 		 1009 aa  144  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 870 aa  144  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 868 aa  144  6e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 		 868 aa  143  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 1047 aa  142  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 875 aa  142  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 872 aa  141  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 888 aa  138  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 874 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  29.48 
 
 		 908 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 		 1097 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  34.33 
 
 		 979 aa  135  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>