More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3988 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 945 aa  1915    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  48.4 
 
 		 901 aa  880    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  41.78 
 
 		 836 aa  593  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  37.55 
 
 		 972 aa  587  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  40.19 
 
 		 838 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  37.12 
 
 		 917 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  37.57 
 
 		 944 aa  579  1e-164  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  37.69 
 
 		 942 aa  582  1e-164  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  37.59 
 
 		 941 aa  581  1e-164  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  36.91 
 
 		 943 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  38.73 
 
 		 842 aa  550  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  35.88 
 
 		 936 aa  536  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  34.64 
 
 		 935 aa  464  1e-129  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  33.53 
 
 		 853 aa  437  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 		 946 aa  343  5.999999999999999e-93  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  31.47 
 
 		 746 aa  340  8e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  28.39 
 
 		 919 aa  327  1e-87  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 938 aa  291  4e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  25.99 
 
 		 992 aa  265  3e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 962 aa  263  1e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 915 aa  244  6e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 943 aa  243  1e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 961 aa  231  4e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 880 aa  231  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 875 aa  226  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  26.24 
 
 		 878 aa  212  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 859 aa  212  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  26.19 
 
 		 878 aa  211  5e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  26.07 
 
 		 878 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  26.02 
 
 		 878 aa  207  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 972 aa  201  7e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 927 aa  198  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 1004 aa  191  5.999999999999999e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 926 aa  181  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  24.21 
 
 		 947 aa  178  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 994 aa  177  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 931 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 1001 aa  176  2.9999999999999996e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 917 aa  175  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03867  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 977 aa  167  8e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 948 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 943 aa  163  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 920 aa  163  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 919 aa  160  9e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 921 aa  159  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 889 aa  158  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 986 aa  157  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 912 aa  157  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02733  TonB-dependent outer membrane receptor  24.24 
 
 		 897 aa  157  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 929 aa  155  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 885 aa  152  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 906 aa  153  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03327  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 862 aa  149  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 924 aa  149  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.2 
 
 		 908 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.48 
 
 		 908 aa  148  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  23.79 
 
 		 927 aa  146  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 908 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 957 aa  141  7e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  38.32 
 
 		 991 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  32.64 
 
 		 894 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04688  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 918 aa  138  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 875 aa  137  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  24.22 
 
 		 906 aa  133  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  34.07 
 
 		 932 aa  131  7.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 958 aa  127  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 906 aa  126  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 868 aa  126  2e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  26.65 
 
 		 1109 aa  122  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 888 aa  120  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 1097 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  22.56 
 
 		 960 aa  117  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  22.68 
 
 		 881 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 1090 aa  115  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 908 aa  112  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  34.04 
 
 		 914 aa  111  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 		 958 aa  109  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 		 892 aa  109  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 881 aa  108  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.85 
 
 		 961 aa  108  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 1074 aa  107  8e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 925 aa  107  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  29.56 
 
 		 943 aa  107  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  30.8 
 
 		 900 aa  105  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 		 882 aa  105  4e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  28.8 
 
 		 933 aa  105  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 984 aa  104  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 1008 aa  104  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  31.36 
 
 		 920 aa  104  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 967 aa  104  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  23.56 
 
 		 931 aa  103  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 892 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 		 1036 aa  103  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  31.13 
 
 		 984 aa  103  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 887 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  29.78 
 
 		 978 aa  102  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  31.63 
 
 		 998 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  31.46 
 
 		 923 aa  102  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 887 aa  102  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  31.63 
 
 		 998 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>