More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03899 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  62.12 
 
 		 943 aa  1173    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  70.3 
 
 		 1097 aa  1381    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 958 aa  1950    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  72.65 
 
 		 1109 aa  1456    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  46.79 
 
 		 1074 aa  810    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  39.69 
 
 		 914 aa  590  1e-167  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  37.51 
 
 		 919 aa  580  1e-164  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  39.25 
 
 		 967 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  36.52 
 
 		 945 aa  531  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  36.97 
 
 		 994 aa  520  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  35.92 
 
 		 924 aa  513  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  34.67 
 
 		 923 aa  488  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  34.78 
 
 		 986 aa  486  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 990 aa  485  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  35.47 
 
 		 978 aa  486  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  35.37 
 
 		 1006 aa  462  1e-129  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  32.65 
 
 		 982 aa  438  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  32.69 
 
 		 998 aa  437  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  32.65 
 
 		 982 aa  438  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  33.59 
 
 		 998 aa  430  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  33.03 
 
 		 984 aa  430  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  33.5 
 
 		 998 aa  429  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  32.24 
 
 		 1008 aa  422  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 		 990 aa  414  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  33.04 
 
 		 998 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  32.14 
 
 		 984 aa  412  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 961 aa  399  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  32.7 
 
 		 944 aa  392  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  32.04 
 
 		 987 aa  380  1e-104  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 951 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 934 aa  365  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  30.24 
 
 		 951 aa  364  4e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 961 aa  364  5.0000000000000005e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  29.92 
 
 		 951 aa  361  3e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  31.84 
 
 		 894 aa  357  6.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 948 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  30.63 
 
 		 1035 aa  289  2e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  28.84 
 
 		 918 aa  288  2.9999999999999996e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 915 aa  283  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  28.77 
 
 		 878 aa  283  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  28.45 
 
 		 878 aa  281  4e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  28.74 
 
 		 878 aa  281  4e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  28.56 
 
 		 878 aa  280  7e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  29.03 
 
 		 906 aa  275  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  38.89 
 
 		 920 aa  268  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  27.16 
 
 		 927 aa  262  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 957 aa  259  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  40.99 
 
 		 998 aa  259  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 880 aa  253  1e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 974 aa  251  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  39.52 
 
 		 1013 aa  249  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  27.76 
 
 		 908 aa  249  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  38.78 
 
 		 1017 aa  247  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 945 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  27.38 
 
 		 933 aa  242  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 908 aa  239  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  28.51 
 
 		 908 aa  239  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 936 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 936 aa  239  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  28.62 
 
 		 908 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 958 aa  235  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 934 aa  235  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  26.28 
 
 		 954 aa  231  4e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 901 aa  231  7e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 938 aa  229  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 984 aa  228  4e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 908 aa  228  4e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 967 aa  226  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  38.99 
 
 		 1011 aa  223  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 971 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 946 aa  221  5e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 906 aa  219  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 902 aa  214  4.9999999999999996e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 993 aa  211  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 976 aa  211  7e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  37.28 
 
 		 1048 aa  209  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 945 aa  209  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 911 aa  196  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  24.71 
 
 		 970 aa  196  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 927 aa  192  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 988 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 988 aa  188  5e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  39.13 
 
 		 859 aa  184  8.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 1007 aa  182  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  34.92 
 
 		 892 aa  182  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 939 aa  181  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 939 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  37.89 
 
 		 875 aa  180  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  25 
 
 		 941 aa  178  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  25.2 
 
 		 940 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  33.6 
 
 		 929 aa  174  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  34.38 
 
 		 931 aa  174  5.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 940 aa  174  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 1048 aa  170  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 1010 aa  170  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  23.87 
 
 		 1013 aa  169  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  24.03 
 
 		 960 aa  163  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  34.82 
 
 		 882 aa  160  9e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 892 aa  160  9e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 924 aa  159  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>