More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2523 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  83.84 
 
 
917 aa  1600    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  89.44 
 
 
944 aa  1732    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  100 
 
 
943 aa  1920    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  47.37 
 
 
838 aa  741    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  41.66 
 
 
972 aa  736    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  48.23 
 
 
842 aa  741    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  89.67 
 
 
942 aa  1724    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  89.77 
 
 
941 aa  1720    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  48.16 
 
 
836 aa  759    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  37.55 
 
 
901 aa  608  9.999999999999999e-173  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  36.91 
 
 
945 aa  573  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  35.5 
 
 
936 aa  518  1.0000000000000001e-145  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  31.62 
 
 
935 aa  416  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  32.9 
 
 
853 aa  412  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  31.75 
 
 
946 aa  379  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  31.03 
 
 
919 aa  363  6e-99  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 
938 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 
746 aa  317  9e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 
943 aa  309  2.0000000000000002e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 
962 aa  307  5.0000000000000004e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  28.54 
 
 
915 aa  263  8e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  26.81 
 
 
992 aa  259  1e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  34.96 
 
 
972 aa  231  4e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 
1001 aa  219  1e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 
875 aa  206  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 
859 aa  204  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 
917 aa  204  9e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 
889 aa  199  2.0000000000000003e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 
880 aa  196  2e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  25.52 
 
 
919 aa  192  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 
908 aa  191  5.999999999999999e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 
920 aa  185  4.0000000000000006e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 
885 aa  183  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 
991 aa  181  4.999999999999999e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 
908 aa  179  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 
908 aa  178  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  24.77 
 
 
908 aa  177  8e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 
936 aa  176  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 
936 aa  175  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  24.66 
 
 
908 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 
988 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  23.73 
 
 
908 aa  172  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 
914 aa  172  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 
906 aa  172  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 
988 aa  172  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  25.03 
 
 
942 aa  171  6e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  26.15 
 
 
947 aa  170  9e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 
921 aa  170  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  24.57 
 
 
940 aa  168  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 
939 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 
939 aa  165  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 
912 aa  165  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 
921 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 
940 aa  164  9e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 
845 aa  164  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  25 
 
 
888 aa  161  7e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  23.23 
 
 
923 aa  157  7e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 
961 aa  156  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 
927 aa  154  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 
945 aa  152  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 
892 aa  149  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  23.23 
 
 
957 aa  147  8.000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  21.97 
 
 
943 aa  147  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04688  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 
918 aa  147  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 
918 aa  147  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 
961 aa  146  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 
944 aa  145  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 
920 aa  144  9e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  22.88 
 
 
1010 aa  139  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 
1004 aa  136  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  22.57 
 
 
906 aa  134  9e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  23.89 
 
 
836 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  32.77 
 
 
932 aa  129  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 
894 aa  129  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 
897 aa  127  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 
958 aa  125  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 
1097 aa  125  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 
1236 aa  125  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  33.99 
 
 
978 aa  125  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 
933 aa  124  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  32.23 
 
 
1008 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 
958 aa  122  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
943 aa  121  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 
984 aa  120  9.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  23.68 
 
 
962 aa  120  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 
994 aa  119  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  31.47 
 
 
998 aa  119  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 
976 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  31.47 
 
 
998 aa  119  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  31.47 
 
 
998 aa  119  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  26.22 
 
 
1109 aa  117  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  32.29 
 
 
998 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 
881 aa  117  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
967 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 
929 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 
948 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  33.82 
 
 
998 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 
982 aa  114  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  28.03 
 
 
982 aa  114  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 
990 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>