More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_0238 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 943 aa  1919    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  60.39 
 
 		 1109 aa  1155    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  44.29 
 
 		 1074 aa  728    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  62.12 
 
 		 958 aa  1173    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  62.76 
 
 		 1097 aa  1194    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  39.38 
 
 		 919 aa  622  1e-176  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  41.72 
 
 		 914 aa  617  1e-175  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  37.17 
 
 		 967 aa  557  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  36.86 
 
 		 945 aa  526  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  36.46 
 
 		 924 aa  522  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  35.02 
 
 		 920 aa  494  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  34.11 
 
 		 923 aa  489  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  33.96 
 
 		 984 aa  446  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  33.69 
 
 		 998 aa  438  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  32.51 
 
 		 982 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  32.51 
 
 		 982 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  33.14 
 
 		 990 aa  418  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 		 1008 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 1006 aa  415  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 1017 aa  399  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 		 984 aa  393  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 951 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 951 aa  379  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 951 aa  379  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  31.48 
 
 		 987 aa  373  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 		 948 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 934 aa  337  7.999999999999999e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  30.47 
 
 		 961 aa  336  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 894 aa  330  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  43.57 
 
 		 986 aa  303  1e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  32.55 
 
 		 1048 aa  295  3e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 915 aa  283  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 859 aa  281  4e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  43.28 
 
 		 978 aa  281  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 892 aa  275  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  41.25 
 
 		 990 aa  272  2.9999999999999997e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  40.68 
 
 		 998 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  40.68 
 
 		 998 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  40.44 
 
 		 998 aa  260  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  40.82 
 
 		 994 aa  256  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  39.13 
 
 		 998 aa  251  5e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  39.81 
 
 		 1013 aa  248  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 922 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  28 
 
 		 908 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  28 
 
 		 908 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 934 aa  243  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  27.56 
 
 		 908 aa  241  4e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 944 aa  239  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 938 aa  238  3e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 908 aa  238  4e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 984 aa  238  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 974 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  25.99 
 
 		 908 aa  230  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 		 1011 aa  229  2e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 906 aa  229  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 945 aa  229  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 901 aa  227  7e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 964 aa  226  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 946 aa  224  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  40.66 
 
 		 944 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  34.77 
 
 		 961 aa  221  3e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  38.64 
 
 		 1035 aa  221  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 971 aa  221  7e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  26.58 
 
 		 954 aa  220  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 908 aa  218  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 902 aa  213  1e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 967 aa  213  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 936 aa  209  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 936 aa  209  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 993 aa  207  8e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 976 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 904 aa  198  3e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  37.22 
 
 		 906 aa  192  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 988 aa  190  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 988 aa  190  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  34.79 
 
 		 927 aa  187  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  38.43 
 
 		 875 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  24.98 
 
 		 1013 aa  185  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 901 aa  176  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  23.63 
 
 		 970 aa  169  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  36.51 
 
 		 931 aa  168  4e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 		 880 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 1010 aa  165  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 838 aa  165  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  37.46 
 
 		 845 aa  164  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  32.78 
 
 		 919 aa  163  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  31.9 
 
 		 888 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  33.74 
 
 		 875 aa  162  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  33.63 
 
 		 874 aa  162  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  31.26 
 
 		 927 aa  162  3e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  33.72 
 
 		 869 aa  160  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 900 aa  159  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  33.78 
 
 		 957 aa  158  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  35.24 
 
 		 929 aa  158  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 881 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  33 
 
 		 882 aa  157  8e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  32.98 
 
 		 872 aa  157  8e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  33.1 
 
 		 868 aa  157  1e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  34.74 
 
 		 878 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  36.79 
 
 		 892 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>