260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2288 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  100 
 
 
927 aa  1877    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  50.11 
 
 
922 aa  858    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  55.75 
 
 
954 aa  1014    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  49.18 
 
 
944 aa  899    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  52.33 
 
 
936 aa  929    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  54.5 
 
 
950 aa  959    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  50.48 
 
 
945 aa  897    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  52.12 
 
 
936 aa  929    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 
918 aa  340  9e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  31.13 
 
 
880 aa  327  5e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  30.82 
 
 
881 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 
894 aa  297  8e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 
958 aa  262  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  27 
 
 
1097 aa  260  8e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  26.36 
 
 
1109 aa  247  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 
951 aa  243  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 
951 aa  243  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 
951 aa  241  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 
915 aa  234  5e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  27.38 
 
 
878 aa  231  4e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  27.27 
 
 
878 aa  229  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  27.27 
 
 
878 aa  228  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  27.27 
 
 
878 aa  228  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 
875 aa  227  7e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 
927 aa  221  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 
923 aa  218  5e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 
934 aa  217  7e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 
948 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 
918 aa  206  2e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 
994 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 
902 aa  199  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 
933 aa  197  5.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
859 aa  195  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 
880 aa  192  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 
1012 aa  190  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 
988 aa  183  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 
908 aa  182  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 
988 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.98 
 
 
908 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  24.85 
 
 
908 aa  179  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 
1006 aa  179  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 
929 aa  179  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 
906 aa  178  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.68 
 
 
908 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  43.93 
 
 
968 aa  175  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 
976 aa  174  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 
908 aa  173  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 
921 aa  172  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 
1047 aa  171  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  40.74 
 
 
1158 aa  171  7e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 
990 aa  169  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  24.25 
 
 
1046 aa  166  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 
934 aa  166  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 
1035 aa  163  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  31.26 
 
 
943 aa  162  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 
943 aa  161  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 
957 aa  160  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  35.46 
 
 
958 aa  160  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 
987 aa  158  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 
945 aa  156  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 
874 aa  156  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  38.56 
 
 
978 aa  152  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  35.26 
 
 
986 aa  152  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  24.69 
 
 
942 aa  151  7e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 
888 aa  150  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  22.71 
 
 
998 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  41.04 
 
 
1083 aa  149  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  46.55 
 
 
1048 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 
945 aa  146  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 
838 aa  146  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 
1013 aa  146  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  42.21 
 
 
1013 aa  145  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  43 
 
 
1017 aa  144  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  45.36 
 
 
914 aa  143  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  42.66 
 
 
984 aa  143  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  36.44 
 
 
1009 aa  143  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  35.2 
 
 
990 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 
979 aa  142  3.9999999999999997e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  36.96 
 
 
978 aa  141  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 
961 aa  140  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  36.97 
 
 
945 aa  139  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  36.17 
 
 
1017 aa  138  5e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  36.91 
 
 
964 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  37.79 
 
 
925 aa  134  6.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  39.5 
 
 
920 aa  134  7.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  34.87 
 
 
870 aa  134  9e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  29.3 
 
 
998 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  29.3 
 
 
998 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  36.65 
 
 
924 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 
993 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  35.08 
 
 
919 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  29.3 
 
 
998 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 
885 aa  132  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 
994 aa  132  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  36.65 
 
 
906 aa  132  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  28.71 
 
 
967 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  35.86 
 
 
869 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2142  TonB-dependent receptor  36.24 
 
 
1034 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.0000142845  normal  0.0159239 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  34.75 
 
 
874 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  40.62 
 
 
845 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>