259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3318 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  44.78 
 
 		 922 aa  757    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  55.65 
 
 		 927 aa  1025    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  100 
 
 		 954 aa  1925    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  46.12 
 
 		 950 aa  780    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  49.47 
 
 		 936 aa  864    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  45.14 
 
 		 944 aa  791    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  49.47 
 
 		 936 aa  864    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  47.45 
 
 		 945 aa  824    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 918 aa  309  1.0000000000000001e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 880 aa  296  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 		 881 aa  286  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  26.89 
 
 		 968 aa  279  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 958 aa  240  6.999999999999999e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 1097 aa  239  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 948 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 961 aa  228  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 951 aa  227  8e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 951 aa  226  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 951 aa  225  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 943 aa  224  6e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  26.32 
 
 		 1109 aa  224  6e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  25.75 
 
 		 986 aa  223  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 958 aa  219  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 978 aa  216  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 894 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 934 aa  213  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 919 aa  200  7.999999999999999e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 924 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 859 aa  191  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  26.63 
 
 		 998 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 902 aa  189  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 994 aa  188  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  26.89 
 
 		 998 aa  188  4e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  26.89 
 
 		 998 aa  188  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 882 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 915 aa  184  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 927 aa  184  7e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 918 aa  182  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 993 aa  181  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 998 aa  181  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 1012 aa  179  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  24.15 
 
 		 998 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  24.73 
 
 		 908 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 908 aa  173  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 875 aa  172  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 906 aa  172  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 1035 aa  172  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 908 aa  170  9e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  24.58 
 
 		 908 aa  168  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 979 aa  167  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 868 aa  167  6.9999999999999995e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 990 aa  165  4.0000000000000004e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  24.13 
 
 		 908 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  24.95 
 
 		 942 aa  164  7e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 938 aa  162  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  26.24 
 
 		 944 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 926 aa  162  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 1007 aa  160  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  37.9 
 
 		 1158 aa  157  7e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  26.2 
 
 		 978 aa  156  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  24.11 
 
 		 970 aa  155  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  24.12 
 
 		 940 aa  153  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  33.02 
 
 		 1013 aa  153  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 946 aa  152  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 945 aa  149  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  45.66 
 
 		 1048 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  38.67 
 
 		 984 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  23.18 
 
 		 853 aa  142  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  35 
 
 		 1083 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  35.15 
 
 		 990 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  38.31 
 
 		 1013 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 888 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 994 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  36.63 
 
 		 1009 aa  129  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  22.63 
 
 		 838 aa  127  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  32.81 
 
 		 1011 aa  126  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 		 945 aa  126  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  37.25 
 
 		 923 aa  125  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2142  TonB-dependent receptor  34.84 
 
 		 1034 aa  125  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.0000142845  normal  0.0159239 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  36.21 
 
 		 906 aa  124  8e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  36.87 
 
 		 964 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 1017 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  37.68 
 
 		 1017 aa  122  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  36.94 
 
 		 974 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 964 aa  121  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 957 aa  120  7.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 967 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  40.7 
 
 		 914 aa  120  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  29.79 
 
 		 878 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 906 aa  117  7.999999999999999e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  29.48 
 
 		 878 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  29.48 
 
 		 878 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  29.48 
 
 		 878 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 870 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  29.59 
 
 		 918 aa  117  8.999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 		 920 aa  116  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  36.92 
 
 		 908 aa  115  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  28.04 
 
 		 947 aa  115  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  31.99 
 
 		 925 aa  114  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 933 aa  114  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>