More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2610 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  39.57 
 
 		 982 aa  668    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  39.57 
 
 		 982 aa  668    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  39.6 
 
 		 994 aa  642    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  42.38 
 
 		 967 aa  776    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 990 aa  2021    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  36.67 
 
 		 998 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  35.8 
 
 		 1008 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  39.14 
 
 		 978 aa  601  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  36.78 
 
 		 986 aa  594  1e-168  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  37.54 
 
 		 945 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  38 
 
 		 998 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  38 
 
 		 998 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  37.69 
 
 		 998 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  38.1 
 
 		 998 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  36.81 
 
 		 984 aa  552  1e-155  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  36.45 
 
 		 961 aa  527  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  35.98 
 
 		 920 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  35.28 
 
 		 1006 aa  524  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  35.9 
 
 		 1017 aa  521  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  35.75 
 
 		 1013 aa  522  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  34.64 
 
 		 990 aa  503  1e-141  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  36.55 
 
 		 944 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 958 aa  485  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  34.14 
 
 		 1109 aa  483  1e-135  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  33.79 
 
 		 1097 aa  480  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  33.24 
 
 		 1035 aa  480  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  34.34 
 
 		 923 aa  477  1e-133  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  32.85 
 
 		 987 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  32.92 
 
 		 1048 aa  449  1.0000000000000001e-124  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 919 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  31.43 
 
 		 1011 aa  421  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 984 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  39.48 
 
 		 924 aa  317  7e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 961 aa  314  5.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 948 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 951 aa  293  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 951 aa  291  4e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 951 aa  291  5.0000000000000004e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  41.25 
 
 		 943 aa  272  2.9999999999999997e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  26.55 
 
 		 859 aa  263  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  44.23 
 
 		 914 aa  258  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 915 aa  233  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 908 aa  227  9e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  27.74 
 
 		 908 aa  226  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  27.74 
 
 		 908 aa  226  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  36.56 
 
 		 1074 aa  211  5e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 908 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 926 aa  201  6e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  25.54 
 
 		 908 aa  197  6e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 906 aa  195  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  32.91 
 
 		 934 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  23.77 
 
 		 968 aa  181  4.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.02 
 
 		 934 aa  178  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  36.15 
 
 		 964 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 976 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 967 aa  174  6.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  24.68 
 
 		 942 aa  172  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  37.07 
 
 		 906 aa  170  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 939 aa  166  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 939 aa  164  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  23.58 
 
 		 960 aa  164  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  36.11 
 
 		 918 aa  164  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 940 aa  163  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  24.18 
 
 		 941 aa  163  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 971 aa  163  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  34.98 
 
 		 964 aa  162  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  35.95 
 
 		 845 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  31.9 
 
 		 875 aa  158  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  33.82 
 
 		 894 aa  158  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 		 870 aa  157  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 1047 aa  155  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  34.65 
 
 		 892 aa  156  2e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  37.02 
 
 		 900 aa  154  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  32.14 
 
 		 927 aa  152  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 888 aa  152  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 869 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 		 892 aa  150  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  36.64 
 
 		 882 aa  149  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  33 
 
 		 874 aa  149  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  34.21 
 
 		 878 aa  149  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  32.76 
 
 		 1036 aa  147  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 		 931 aa  146  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  35.44 
 
 		 887 aa  145  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  33.55 
 
 		 878 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  33.55 
 
 		 878 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  33.55 
 
 		 878 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  37.23 
 
 		 922 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  32.51 
 
 		 919 aa  145  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  35.44 
 
 		 887 aa  144  6e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  32.21 
 
 		 872 aa  144  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 		 929 aa  143  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 874 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  36.21 
 
 		 881 aa  144  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  25.45 
 
 		 836 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  35.2 
 
 		 927 aa  143  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  40.6 
 
 		 271 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  32.09 
 
 		 1210 aa  142  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  38.22 
 
 		 868 aa  141  7e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 		 933 aa  141  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 874 aa  141  7.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>