More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1208 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  71.43 
 
 		 888 aa  1269    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  49.66 
 
 		 887 aa  860    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  70.75 
 
 		 874 aa  1270    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  70.63 
 
 		 874 aa  1250    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  70.93 
 
 		 872 aa  1246    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 870 aa  1775    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  43.85 
 
 		 892 aa  649    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  48.38 
 
 		 882 aa  843    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  50.06 
 
 		 900 aa  874    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  74.48 
 
 		 880 aa  1335    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  50.11 
 
 		 887 aa  859    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  71.43 
 
 		 874 aa  1261    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  92.64 
 
 		 869 aa  1639    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  49.27 
 
 		 881 aa  853    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  36.08 
 
 		 845 aa  452  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  34.84 
 
 		 892 aa  448  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  34.73 
 
 		 859 aa  443  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  33.91 
 
 		 878 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  33.8 
 
 		 878 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  33.91 
 
 		 878 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  33.91 
 
 		 878 aa  405  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  32.22 
 
 		 875 aa  387  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 927 aa  370  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  32.98 
 
 		 868 aa  371  1e-101  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  32.44 
 
 		 868 aa  368  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  37.67 
 
 		 601 aa  364  3e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  31.22 
 
 		 875 aa  355  2.9999999999999997e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 		 964 aa  348  2e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 		 926 aa  347  5e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 964 aa  327  8.000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 894 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  29.35 
 
 		 915 aa  309  1.0000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 902 aa  309  2.0000000000000002e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 889 aa  286  1.0000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  62.6 
 
 		 271 aa  275  3e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 967 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 958 aa  261  5.0000000000000005e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 918 aa  258  3e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 919 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 		 920 aa  247  6.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 904 aa  234  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 929 aa  234  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  26.65 
 
 		 906 aa  230  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 924 aa  229  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 994 aa  229  2e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 978 aa  228  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 933 aa  227  6e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 881 aa  209  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 945 aa  209  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 936 aa  195  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  26.44 
 
 		 936 aa  195  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 938 aa  185  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 963 aa  185  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 853 aa  182  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 836 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  47.83 
 
 		 1047 aa  182  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 838 aa  181  5.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 901 aa  179  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 945 aa  179  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  33.98 
 
 		 1036 aa  173  1e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 934 aa  172  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 842 aa  171  6e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  43.53 
 
 		 1017 aa  170  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  25.18 
 
 		 972 aa  169  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 		 982 aa  163  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 		 982 aa  163  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 990 aa  163  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  34.01 
 
 		 945 aa  162  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  36.12 
 
 		 934 aa  163  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  23.22 
 
 		 838 aa  162  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  38.31 
 
 		 998 aa  161  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 		 914 aa  160  7e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  34.46 
 
 		 1097 aa  160  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  33.62 
 
 		 943 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  33.02 
 
 		 1109 aa  158  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  34.48 
 
 		 998 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  34.48 
 
 		 998 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  34.48 
 
 		 998 aa  157  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  37.25 
 
 		 1008 aa  157  6e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  35.71 
 
 		 998 aa  157  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 		 1013 aa  156  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  34.07 
 
 		 948 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  36.33 
 
 		 978 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  33.55 
 
 		 994 aa  154  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  35.02 
 
 		 951 aa  153  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  34.53 
 
 		 958 aa  153  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  32.65 
 
 		 923 aa  153  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  35.16 
 
 		 951 aa  152  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  39.15 
 
 		 1006 aa  152  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  34.8 
 
 		 951 aa  152  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  37.65 
 
 		 1035 aa  150  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  35.93 
 
 		 961 aa  147  8.000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  29.89 
 
 		 1074 aa  145  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 880 aa  145  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  31.87 
 
 		 1017 aa  143  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  30.85 
 
 		 906 aa  143  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  37.55 
 
 		 986 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  31.31 
 
 		 921 aa  142  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  29.93 
 
 		 1009 aa  142  3e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  32.12 
 
 		 957 aa  142  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>