More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1305 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  47.77 
 
 
874 aa  804    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  81.36 
 
 
881 aa  1513    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  100 
 
 
900 aa  1845    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  48.5 
 
 
872 aa  802    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  44.57 
 
 
880 aa  766    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  50.06 
 
 
870 aa  858    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  90.96 
 
 
882 aa  1685    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  49.22 
 
 
869 aa  832    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  49.12 
 
 
888 aa  843    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  84.1 
 
 
887 aa  1559    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  83.77 
 
 
887 aa  1560    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  48.27 
 
 
874 aa  824    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  48.72 
 
 
874 aa  824    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  40.46 
 
 
892 aa  599  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  34.06 
 
 
845 aa  432  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  31.61 
 
 
892 aa  402  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  33.4 
 
 
878 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  33.51 
 
 
878 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  33.51 
 
 
878 aa  392  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  33.51 
 
 
878 aa  392  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 
964 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  34.23 
 
 
859 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  31.17 
 
 
964 aa  364  5.0000000000000005e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 
875 aa  351  4e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  30.22 
 
 
927 aa  333  1e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 
875 aa  328  3e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 
868 aa  313  6.999999999999999e-84  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 
868 aa  309  1.0000000000000001e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
601 aa  305  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.82 
 
 
894 aa  297  5e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 
889 aa  288  2.9999999999999996e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  60.55 
 
 
271 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 
926 aa  278  3e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 
902 aa  277  5e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 
1036 aa  270  8e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 
934 aa  262  2e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 
919 aa  259  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 
961 aa  252  3e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 
951 aa  244  6e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 
958 aa  243  9e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
951 aa  240  8e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.89 
 
 
915 aa  239  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  26.94 
 
 
942 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 
948 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.01 
 
 
940 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 
881 aa  217  8e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 
921 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 
931 aa  211  7e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 
912 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 
940 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  26.37 
 
 
906 aa  206  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 
978 aa  204  8e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 
1035 aa  201  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 
918 aa  200  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  25.37 
 
 
941 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 
939 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  25.86 
 
 
901 aa  199  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 
939 aa  197  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  25.78 
 
 
836 aa  196  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 
885 aa  194  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 
945 aa  191  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 
943 aa  189  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 
938 aa  189  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25 
 
 
904 aa  188  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  25.73 
 
 
959 aa  185  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 
838 aa  184  5.0000000000000004e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 
836 aa  177  9e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 
936 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 
936 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  42.42 
 
 
1017 aa  174  5.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  35.2 
 
 
1047 aa  174  6.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  26.82 
 
 
908 aa  172  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 
967 aa  170  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 
944 aa  170  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 
974 aa  169  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  36.09 
 
 
1013 aa  167  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  37.01 
 
 
978 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  34.2 
 
 
967 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  33.44 
 
 
982 aa  164  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  33.44 
 
 
982 aa  164  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  29.53 
 
 
1109 aa  160  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  24.49 
 
 
838 aa  160  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 
943 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 
946 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  32.15 
 
 
1097 aa  159  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  39.74 
 
 
986 aa  158  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  37.29 
 
 
880 aa  157  8e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
971 aa  157  9e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  41.03 
 
 
998 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  36.6 
 
 
1006 aa  155  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  41.03 
 
 
998 aa  155  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  37.02 
 
 
998 aa  155  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  37.34 
 
 
945 aa  154  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  41.03 
 
 
998 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  34.52 
 
 
958 aa  154  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  33.22 
 
 
951 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  37.02 
 
 
990 aa  154  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  37.55 
 
 
1008 aa  152  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  37.79 
 
 
914 aa  151  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  39.91 
 
 
998 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>