More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3052 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  42.16 
 
 		 1109 aa  654    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 914 aa  1857    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  40.97 
 
 		 1097 aa  628  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  41.02 
 
 		 943 aa  619  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  39.51 
 
 		 958 aa  590  1e-167  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  38.13 
 
 		 945 aa  515  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  36.9 
 
 		 924 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  37.63 
 
 		 920 aa  498  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  36.67 
 
 		 994 aa  495  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  35.82 
 
 		 967 aa  492  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  37.2 
 
 		 1074 aa  482  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  34.64 
 
 		 986 aa  474  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  35.21 
 
 		 984 aa  473  1e-132  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  35.38 
 
 		 919 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  34.9 
 
 		 984 aa  465  1e-129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  33.73 
 
 		 1017 aa  462  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  35.07 
 
 		 978 aa  462  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  34.18 
 
 		 998 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  34.09 
 
 		 998 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  34.18 
 
 		 998 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  33.86 
 
 		 998 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  33.98 
 
 		 1006 aa  439  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  34.67 
 
 		 990 aa  429  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  34.51 
 
 		 944 aa  428  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 1013 aa  427  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  33.57 
 
 		 987 aa  413  1e-114  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  30.95 
 
 		 1011 aa  405  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  31.46 
 
 		 961 aa  402  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  30.3 
 
 		 998 aa  399  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  30.91 
 
 		 982 aa  393  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  30.91 
 
 		 982 aa  393  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 1035 aa  333  1e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  31.26 
 
 		 894 aa  330  1.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 951 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 951 aa  313  6.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  32.25 
 
 		 1048 aa  313  1e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 951 aa  313  1e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 961 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 948 aa  297  6e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 859 aa  287  5.999999999999999e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 927 aa  281  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 915 aa  280  7e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  47.35 
 
 		 923 aa  274  5.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 926 aa  262  2e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 918 aa  260  7e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  44.63 
 
 		 990 aa  258  5e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 904 aa  246  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  26.93 
 
 		 947 aa  245  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  27.15 
 
 		 906 aa  246  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 958 aa  235  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 978 aa  233  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 979 aa  229  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 931 aa  229  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 874 aa  228  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 908 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 881 aa  220  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 		 984 aa  220  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 994 aa  220  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  36.13 
 
 		 1008 aa  219  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 1013 aa  219  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  26.36 
 
 		 908 aa  214  5.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  27.55 
 
 		 908 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 908 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  27.05 
 
 		 908 aa  211  5e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 945 aa  211  7e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 906 aa  209  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  39.68 
 
 		 934 aa  204  6e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 936 aa  204  9e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 921 aa  202  3e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 944 aa  201  6e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 993 aa  199  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  26.45 
 
 		 972 aa  195  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 963 aa  195  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 922 aa  192  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 934 aa  189  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 		 974 aa  189  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 950 aa  187  5e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 918 aa  187  5e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 976 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 943 aa  185  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  35.39 
 
 		 892 aa  184  8.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 1010 aa  180  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 941 aa  180  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 917 aa  179  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 942 aa  178  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 988 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 988 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 944 aa  176  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 1016 aa  176  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  24.98 
 
 		 1011 aa  174  6.999999999999999e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 943 aa  172  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  35.21 
 
 		 933 aa  170  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 		 1047 aa  167  1.0000000000000001e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  35.33 
 
 		 868 aa  163  1e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  32.1 
 
 		 888 aa  162  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  44.27 
 
 		 875 aa  162  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  34.7 
 
 		 868 aa  160  1e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02733  TonB-dependent outer membrane receptor  25.44 
 
 		 897 aa  160  1e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  36.27 
 
 		 870 aa  159  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 1036 aa  157  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>