More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2082 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  89.67 
 
 		 943 aa  1724    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  94.83 
 
 		 944 aa  1823    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  47.19 
 
 		 838 aa  739    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  83.86 
 
 		 917 aa  1605    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  42.14 
 
 		 972 aa  741    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  48.23 
 
 		 842 aa  744    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 942 aa  1918    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  98.62 
 
 		 941 aa  1891    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  48.65 
 
 		 836 aa  764    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  38.58 
 
 		 901 aa  619  1e-176  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  37.69 
 
 		 945 aa  582  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  35.32 
 
 		 936 aa  514  1e-144  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 853 aa  405  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  31.44 
 
 		 935 aa  403  1e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  31.39 
 
 		 919 aa  378  1e-103  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  31.32 
 
 		 946 aa  378  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 972 aa  370  1e-101  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 938 aa  337  7e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  31.13 
 
 		 746 aa  315  1.9999999999999998e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 		 943 aa  314  5.999999999999999e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 962 aa  303  8.000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 915 aa  260  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  26.55 
 
 		 992 aa  253  8.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 1004 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 859 aa  214  7e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 1001 aa  210  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 880 aa  206  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 875 aa  206  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 917 aa  199  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 918 aa  197  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.17 
 
 		 908 aa  194  7e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 908 aa  194  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.28 
 
 		 908 aa  194  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 889 aa  191  4e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 908 aa  190  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 908 aa  183  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 921 aa  180  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 991 aa  179  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  25.14 
 
 		 878 aa  179  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  25.44 
 
 		 914 aa  178  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 906 aa  178  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 933 aa  177  9e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 936 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 885 aa  176  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 976 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  24.97 
 
 		 940 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 936 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 988 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 988 aa  173  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 845 aa  171  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  22.95 
 
 		 961 aa  166  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  25.45 
 
 		 947 aa  164  6e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  24.71 
 
 		 942 aa  162  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 874 aa  160  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 918 aa  160  9e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 945 aa  159  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 892 aa  157  7e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  23.78 
 
 		 960 aa  157  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 868 aa  156  2e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 944 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 961 aa  154  5.9999999999999996e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 1010 aa  154  8e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  23.31 
 
 		 906 aa  153  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  22.03 
 
 		 868 aa  153  2e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 887 aa  151  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 887 aa  150  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 923 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  22.67 
 
 		 945 aa  149  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 943 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04688  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 918 aa  147  9e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03327  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 862 aa  146  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02733  TonB-dependent outer membrane receptor  25.05 
 
 		 897 aa  146  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 920 aa  145  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  22.68 
 
 		 904 aa  145  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 874 aa  141  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 888 aa  135  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 874 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 1097 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2575  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 897 aa  130  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.118608 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 1035 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  30.39 
 
 		 958 aa  130  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  35.47 
 
 		 978 aa  130  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  30.25 
 
 		 998 aa  129  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  33.96 
 
 		 1008 aa  129  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  30.25 
 
 		 998 aa  129  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.76 
 
 		 894 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  30.25 
 
 		 998 aa  129  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  30.51 
 
 		 932 aa  125  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 943 aa  124  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 994 aa  124  9e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 933 aa  124  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 958 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 1236 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  34.38 
 
 		 998 aa  121  6e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  27.86 
 
 		 1109 aa  121  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 984 aa  120  7.999999999999999e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 924 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 994 aa  119  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 967 aa  119  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  25.51 
 
 		 918 aa  117  7.999999999999999e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>