More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2472 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1004 aa  2044    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  33.73 
 
 		 1001 aa  432  1e-119  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 991 aa  332  2e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 943 aa  286  9e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 946 aa  264  6e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 917 aa  228  4e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 938 aa  226  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  25.71 
 
 		 901 aa  224  4.9999999999999996e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 944 aa  220  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 942 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 941 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 936 aa  214  7.999999999999999e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 972 aa  211  8e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 961 aa  204  7e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  28.33 
 
 		 919 aa  193  1e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 945 aa  191  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  29.52 
 
 		 962 aa  179  3e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 842 aa  176  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 836 aa  160  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  23.09 
 
 		 838 aa  155  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 		 920 aa  137  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 943 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  32.56 
 
 		 933 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  32.9 
 
 		 972 aa  133  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 917 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 		 935 aa  129  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  26 
 
 		 932 aa  129  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  32.79 
 
 		 924 aa  127  8.000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  32.38 
 
 		 957 aa  125  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  22.72 
 
 		 889 aa  121  7e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  32.35 
 
 		 1090 aa  120  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  28.11 
 
 		 931 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1077  TonB-dependent receptor plug  35.8 
 
 		 1147 aa  118  6e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.139666  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  29.31 
 
 		 962 aa  115  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 927 aa  108  4e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 922 aa  108  5e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  28.68 
 
 		 1051 aa  106  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0687  TonB-dependent receptor plug  34.63 
 
 		 1066 aa  103  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000368549  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 1077 aa  102  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0978  TonB-dependent receptor plug  36.41 
 
 		 753 aa  100  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.103139  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  32.9 
 
 		 791 aa  96.7  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 853 aa  96.7  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  29.57 
 
 		 992 aa  94.7  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 828 aa  92.8  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 897 aa  90.5  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1758  TonB-dependent receptor  32.35 
 
 		 1089 aa  88.2  8e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.208023  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 828 aa  87.4  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0915  TonB-dependent receptor plug  33.15 
 
 		 1075 aa  87.8  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 957 aa  87.4  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  28.63 
 
 		 848 aa  87  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3755  tonB-linked outer membrane receptor P92  29.39 
 
 		 799 aa  86.7  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0281  TonB-dependent receptor  32.05 
 
 		 952 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 798 aa  85.9  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0997  TonB-dependent receptor plug  31.1 
 
 		 979 aa  85.9  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  34.56 
 
 		 894 aa  85.5  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5287  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 933 aa  85.1  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.284266 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 		 900 aa  84.7  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0259  TonB-linked outer membrane receptor  26.77 
 
 		 782 aa  84.3  0.000000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  35.63 
 
 		 845 aa  84  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  26.97 
 
 		 760 aa  84  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 882 aa  84.3  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  27.56 
 
 		 759 aa  84  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0300  TonB-dependent receptor plug  33.17 
 
 		 1079 aa  83.2  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.11238 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  30.73 
 
 		 1210 aa  83.2  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  31.75 
 
 		 945 aa  84  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 1013 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  25.65 
 
 		 978 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  30.8 
 
 		 747 aa  82.8  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  27.55 
 
 		 986 aa  82.8  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 1008 aa  82.8  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 994 aa  82.4  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0355  TonB-dependent receptor  30.09 
 
 		 888 aa  82.4  0.00000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.66622  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 887 aa  82.4  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 1097 aa  82.4  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1260  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 		 866 aa  82.4  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  27.66 
 
 		 998 aa  81.6  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 982 aa  81.6  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 982 aa  81.6  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3882  TonB-dependent receptor, plug  26.56 
 
 		 1030 aa  81.6  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.202401  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  30.06 
 
 		 929 aa  80.5  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 892 aa  80.5  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 990 aa  80.9  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 1240 aa  80.9  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 		 881 aa  80.9  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 874 aa  80.5  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4221  TonB-dependent siderophore receptor  29.41 
 
 		 795 aa  80.1  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  30.22 
 
 		 906 aa  79.3  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  30.54 
 
 		 919 aa  79.3  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  27.46 
 
 		 861 aa  79.3  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 746 aa  79.3  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1769  TonB-dependent receptor plug  31.63 
 
 		 1085 aa  79.7  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1487  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 958 aa  79.3  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  29.52 
 
 		 887 aa  79.3  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3052  TonB-dependent receptor plug  29.17 
 
 		 753 aa  79.3  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.129578 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  27.64 
 
 		 888 aa  79  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5092  TonB-dependent receptor plug  28.44 
 
 		 988 aa  79  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.303703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  36.88 
 
 		 908 aa  79  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3418  TonB-dependent receptor plug  29.96 
 
 		 1076 aa  78.6  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1161  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 935 aa  79  0.0000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880371  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 915 aa  78.6  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>