More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1070 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1070  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 991 aa  2016    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  34.63 
 
 		 1001 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 1004 aa  332  2e-89  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 938 aa  253  9.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 946 aa  230  9e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 972 aa  223  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 901 aa  199  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 943 aa  197  1e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 941 aa  188  4e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 943 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 944 aa  184  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 942 aa  182  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  31.16 
 
 		 962 aa  175  3.9999999999999995e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  31.71 
 
 		 919 aa  166  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  22.47 
 
 		 917 aa  152  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 935 aa  145  5e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  36.51 
 
 		 945 aa  143  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0830  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 933 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.926876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6376  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 920 aa  133  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  34.58 
 
 		 936 aa  132  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3601  TonB-dependent receptor  22.82 
 
 		 1090 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.0000169408  hitchhiker  0.00028286 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0176  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 924 aa  130  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5439  TonB-dependent receptor plug  33.19 
 
 		 962 aa  128  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.648524  normal  0.961509 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2560  TonB-dependent receptor  35.92 
 
 		 957 aa  125  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.184362  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  28.36 
 
 		 972 aa  124  8e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 961 aa  122  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  28.94 
 
 		 917 aa  122  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4228  TonB-dependent receptor plug  32.79 
 
 		 931 aa  116  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  32.61 
 
 		 932 aa  115  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01815  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 927 aa  112  3e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3857  TonB-dependent receptor  31.78 
 
 		 1077 aa  110  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0545  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 		 922 aa  109  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1716  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 1051 aa  100  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.854404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1988  TonB-dependent receptor plug  23.56 
 
 		 1003 aa  97.8  8e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.485528  normal  0.175493 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 836 aa  97.1  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2008  TonB-dependent receptor, putative  27.86 
 
 		 833 aa  95.5  5e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  35.29 
 
 		 838 aa  94.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  34.13 
 
 		 836 aa  93.6  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 828 aa  92.8  3e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0089  TonB-dependent receptor  29.75 
 
 		 957 aa  92.8  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.012532 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  35.14 
 
 		 1210 aa  91.7  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 842 aa  91.3  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0281  TonB-dependent receptor  34.25 
 
 		 952 aa  89  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 1240 aa  88.6  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1487  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 		 958 aa  88.2  6e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0687  TonB-dependent receptor plug  34.98 
 
 		 1066 aa  88.2  7e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000368549  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0569  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 778 aa  87.4  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.147079 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2398  TonB-dependent receptor  48.48 
 
 		 966 aa  84.3  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 998 aa  83.6  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1077  TonB-dependent receptor plug  35.81 
 
 		 1147 aa  81.3  0.00000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.139666  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 		 1011 aa  80.9  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1758  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 1089 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.208023  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1750  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 1087 aa  80.1  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0975  TonB-dependent siderophore receptor  32.52 
 
 		 806 aa  79.3  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.608799  normal  0.162482 
 
 
-
 
NC_002950  PG0707  TonB-dependent receptor, putative  25.71 
 
 		 848 aa  79  0.0000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000125429 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1161  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 935 aa  79  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.880371  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6039  TonB-dependent receptor plug  34.2 
 
 		 1059 aa  79  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.29047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0876  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 759 aa  79  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.366778  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  35.04 
 
 		 992 aa  78.6  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.68 
 
 		 934 aa  78.6  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2082  TonB-dependent receptor plug  36.69 
 
 		 1173 aa  78.6  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.843003  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02733  TonB-dependent outer membrane receptor  33.08 
 
 		 897 aa  78.2  0.0000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 987 aa  77.8  0.0000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2819  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 897 aa  77.4  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1482  TonB-dependent receptor plug  35.97 
 
 		 1051 aa  76.3  0.000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0024542  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 958 aa  75.9  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 828 aa  75.9  0.000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1438  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 999 aa  75.9  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.226679 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 929 aa  75.5  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 914 aa  75.1  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2226  TonB-dependent receptor plug  30.77 
 
 		 1117 aa  75.1  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.377553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1274  TonB-dependent receptor plug  27.89 
 
 		 861 aa  74.7  0.000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 1008 aa  74.7  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  30.22 
 
 		 920 aa  74.7  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 915 aa  74.3  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4210  TonB-dependent receptor plug  28.76 
 
 		 1027 aa  73.9  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0978  TonB-dependent receptor plug  28.78 
 
 		 753 aa  73.9  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.103139  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 889 aa  74.3  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  33.96 
 
 		 998 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  29.55 
 
 		 986 aa  73.6  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2153  TonB-dependent receptor plug  34.04 
 
 		 1042 aa  73.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000607651  normal  0.711508 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1095  TonB-dependent receptor plug  29.67 
 
 		 747 aa  73.6  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.189088  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  33.06 
 
 		 1013 aa  73.6  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5260  TonB-dependent receptor plug  30.7 
 
 		 1060 aa  73.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 940 aa  73.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1769  TonB-dependent receptor plug  30.92 
 
 		 1085 aa  73.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0121  TonB-dependent receptor plug  27.88 
 
 		 760 aa  72.8  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  30.22 
 
 		 780 aa  72.8  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 925 aa  72.8  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1897  TonB-dependent receptor plug  30.73 
 
 		 1102 aa  72.4  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.734415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 853 aa  72.4  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0617  outer membrane protein  27.71 
 
 		 800 aa  72.4  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.223458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2201  TonB-dependent receptor  31.4 
 
 		 893 aa  72.4  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  29.73 
 
 		 919 aa  72  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0355  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 		 888 aa  72  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.66622  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 		 1097 aa  72  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4814  TonB-dependent receptor, plug  30.04 
 
 		 1095 aa  72.4  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.212605  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  31.55 
 
 		 894 aa  71.6  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03436  TonB-dependent receptor  21.68 
 
 		 856 aa  71.6  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0637  TonB-dependent receptor  30.3 
 
 		 916 aa  71.2  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0978738  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>