287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1966 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  50.61 
 
 		 1210 aa  1188    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0809  TonB-dependent receptor  35.44 
 
 		 1218 aa  641    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00325409  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1240 aa  2551    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  32.93 
 
 		 1236 aa  514  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  35.39 
 
 		 894 aa  171  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 859 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  31.06 
 
 		 998 aa  154  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  30.09 
 
 		 906 aa  152  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 931 aa  151  7e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  33.45 
 
 		 934 aa  149  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 958 aa  149  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  32.71 
 
 		 1109 aa  147  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 892 aa  147  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 961 aa  147  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  41.26 
 
 		 875 aa  145  5e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  33.21 
 
 		 1097 aa  144  9e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 		 982 aa  144  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  31.01 
 
 		 982 aa  144  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 918 aa  140  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 885 aa  141  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 1008 aa  140  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 		 993 aa  140  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  30.45 
 
 		 994 aa  139  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  24.11 
 
 		 915 aa  136  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  33.21 
 
 		 990 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 998 aa  137  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 		 924 aa  137  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  32.81 
 
 		 1013 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  27.82 
 
 		 986 aa  135  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  30.8 
 
 		 875 aa  136  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 		 914 aa  135  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  27.43 
 
 		 978 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 994 aa  133  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  31.31 
 
 		 998 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  31.31 
 
 		 998 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  31.31 
 
 		 998 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 929 aa  132  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 940 aa  132  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 		 957 aa  131  7.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 		 1011 aa  131  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  29.64 
 
 		 958 aa  129  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 		 919 aa  129  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 		 927 aa  129  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 1048 aa  128  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 		 943 aa  127  9e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  34.48 
 
 		 1007 aa  127  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  33.1 
 
 		 961 aa  127  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 951 aa  127  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 1017 aa  126  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 939 aa  126  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 		 967 aa  125  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  33.21 
 
 		 874 aa  125  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 951 aa  125  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  32.82 
 
 		 869 aa  125  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 951 aa  125  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  31 
 
 		 881 aa  125  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 948 aa  125  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 868 aa  125  7e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 921 aa  124  8e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  30.32 
 
 		 878 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  30.32 
 
 		 878 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 939 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  30.32 
 
 		 878 aa  124  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  31.68 
 
 		 870 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 		 874 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 868 aa  123  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 912 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  31.52 
 
 		 923 aa  123  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  30.32 
 
 		 878 aa  124  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 880 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3939  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 1017 aa  123  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  23.24 
 
 		 940 aa  122  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  30.45 
 
 		 968 aa  122  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  32.06 
 
 		 874 aa  121  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 		 888 aa  121  7.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 889 aa  121  9e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  29.52 
 
 		 990 aa  120  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 872 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 601 aa  120  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 892 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 904 aa  119  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  31.15 
 
 		 945 aa  118  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  23.35 
 
 		 836 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 881 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  23.28 
 
 		 941 aa  117  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  31.51 
 
 		 900 aa  117  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 1012 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  23.14 
 
 		 942 aa  116  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 		 984 aa  116  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  33.63 
 
 		 312 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 		 920 aa  115  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 836 aa  115  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 908 aa  114  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 964 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 918 aa  114  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  30.38 
 
 		 944 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 		 1035 aa  114  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 		 1016 aa  114  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 976 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  30.16 
 
 		 1006 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>