262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3650 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1012 aa  2038    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 993 aa  258  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 994 aa  228  6e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 961 aa  217  8e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 915 aa  213  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 922 aa  211  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 990 aa  209  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  25.95 
 
 		 1109 aa  209  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 958 aa  208  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 1097 aa  207  6e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 943 aa  198  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  25.16 
 
 		 927 aa  190  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 1035 aa  188  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 964 aa  187  8e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  26.29 
 
 		 986 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 		 919 aa  183  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  25.02 
 
 		 954 aa  182  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 987 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 927 aa  178  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 945 aa  174  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 944 aa  168  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  43.96 
 
 		 958 aa  166  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  42.48 
 
 		 994 aa  160  9e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 936 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 		 936 aa  159  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 1036 aa  158  6e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 885 aa  152  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  25.02 
 
 		 988 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25.02 
 
 		 988 aa  145  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 918 aa  144  9e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 859 aa  137  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 976 aa  135  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 967 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 1048 aa  134  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  29.47 
 
 		 968 aa  134  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  30.43 
 
 		 874 aa  134  6.999999999999999e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  32.04 
 
 		 878 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  38.39 
 
 		 914 aa  131  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  32.04 
 
 		 878 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  32.04 
 
 		 878 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  32.04 
 
 		 878 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 998 aa  130  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 1007 aa  129  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  36.32 
 
 		 1210 aa  129  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  35.98 
 
 		 892 aa  129  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 894 aa  127  7e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  34.68 
 
 		 1009 aa  125  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  29.6 
 
 		 874 aa  125  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 		 964 aa  124  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  29.1 
 
 		 998 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  28.73 
 
 		 998 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 		 872 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 		 874 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  28.73 
 
 		 998 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  28.73 
 
 		 944 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  35.86 
 
 		 948 aa  122  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 924 aa  122  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  28.51 
 
 		 998 aa  122  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 1013 aa  121  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  29.19 
 
 		 978 aa  121  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 1008 aa  121  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  34.2 
 
 		 1011 aa  121  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 888 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  32.17 
 
 		 946 aa  118  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  36.61 
 
 		 1047 aa  118  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  29.34 
 
 		 869 aa  118  6.9999999999999995e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 		 870 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 982 aa  117  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  29.21 
 
 		 982 aa  117  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 900 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 		 882 aa  117  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 1240 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 945 aa  115  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 1006 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  34.35 
 
 		 875 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  32.87 
 
 		 1158 aa  114  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 918 aa  114  7.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 881 aa  114  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 984 aa  114  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  39.88 
 
 		 984 aa  114  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  29.37 
 
 		 887 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 923 aa  112  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  34.63 
 
 		 978 aa  112  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  36.4 
 
 		 868 aa  112  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  31.8 
 
 		 1083 aa  112  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  37.33 
 
 		 875 aa  111  7.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 887 aa  111  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 920 aa  110  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1279  rhodanese-like protein  25.85 
 
 		 990 aa  110  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal  0.344193 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 892 aa  110  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  37.43 
 
 		 974 aa  110  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  32.32 
 
 		 951 aa  110  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  35.53 
 
 		 868 aa  110  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 		 880 aa  110  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 889 aa  110  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 951 aa  109  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 951 aa  109  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  37.7 
 
 		 845 aa  108  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 925 aa  108  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  33.61 
 
 		 933 aa  107  9e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>