232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3818 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  41.54 
 
 		 946 aa  715    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  71.05 
 
 		 967 aa  1434    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  43.07 
 
 		 938 aa  739    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  76.86 
 
 		 971 aa  1519    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 974 aa  1976    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  38.28 
 
 		 908 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  36.84 
 
 		 906 aa  534  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  36.47 
 
 		 908 aa  525  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  36.02 
 
 		 908 aa  524  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  36.37 
 
 		 908 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  36.37 
 
 		 908 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  34.47 
 
 		 919 aa  442  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  33.74 
 
 		 921 aa  440  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 911 aa  392  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 		 906 aa  380  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 924 aa  377  1e-103  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  31.34 
 
 		 918 aa  366  1e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  30.55 
 
 		 945 aa  344  5.999999999999999e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 943 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  28.12 
 
 		 942 aa  278  4e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  27.05 
 
 		 959 aa  276  1.0000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 		 939 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 		 939 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 1010 aa  268  5e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 976 aa  267  5.999999999999999e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 940 aa  265  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 958 aa  260  7e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  26.09 
 
 		 960 aa  257  7e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 908 aa  256  1.0000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 988 aa  256  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 988 aa  255  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 1007 aa  252  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  27.52 
 
 		 1109 aa  249  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 943 aa  240  9e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 921 aa  238  6e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 901 aa  237  8e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 912 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 885 aa  234  9e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 1013 aa  231  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 919 aa  230  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 1097 aa  229  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 904 aa  222  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 945 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 982 aa  209  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 982 aa  209  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 961 aa  204  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  25.98 
 
 		 878 aa  191  8e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 918 aa  190  9e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  25.98 
 
 		 878 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  25.88 
 
 		 878 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  25.88 
 
 		 878 aa  188  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  32.98 
 
 		 836 aa  188  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  32.89 
 
 		 940 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 914 aa  184  7e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  32.63 
 
 		 941 aa  182  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  25.48 
 
 		 998 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 948 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  25.48 
 
 		 998 aa  181  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  25.38 
 
 		 998 aa  181  7e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  24.63 
 
 		 970 aa  174  5.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 964 aa  172  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 900 aa  171  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 892 aa  171  5e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 894 aa  170  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  24.98 
 
 		 933 aa  169  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  35.19 
 
 		 312 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  31.96 
 
 		 1016 aa  167  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 875 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 892 aa  163  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 918 aa  160  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  24.76 
 
 		 944 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 1074 aa  154  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 934 aa  152  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  22.89 
 
 		 978 aa  150  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 875 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 934 aa  147  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  23.78 
 
 		 1036 aa  145  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 984 aa  141  4.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  32.58 
 
 		 978 aa  137  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 967 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 		 984 aa  135  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  29.57 
 
 		 986 aa  134  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 994 aa  133  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 936 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 936 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  26.98 
 
 		 998 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 998 aa  131  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 945 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 990 aa  129  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 1006 aa  129  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 		 859 aa  129  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 924 aa  127  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  27.01 
 
 		 1013 aa  127  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 1011 aa  126  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2142  TonB-dependent receptor  35.97 
 
 		 1034 aa  124  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.0000142845  normal  0.0159239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  30.19 
 
 		 951 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 961 aa  122  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  36.65 
 
 		 954 aa  122  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 		 951 aa  121  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  29.73 
 
 		 951 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>