249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1998 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  70.07 
 
 		 945 aa  1296    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  66.42 
 
 		 944 aa  1279    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  45 
 
 		 950 aa  790    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  50.98 
 
 		 927 aa  934    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  48.47 
 
 		 954 aa  857    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  45.16 
 
 		 922 aa  786    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 936 aa  1904    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  99.68 
 
 		 936 aa  1901    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  29.63 
 
 		 918 aa  342  2.9999999999999998e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 881 aa  308  4.0000000000000004e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 880 aa  286  8e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  27.39 
 
 		 968 aa  273  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.54 
 
 		 894 aa  269  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 		 951 aa  268  4e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 951 aa  268  5e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 951 aa  264  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 915 aa  250  8e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 948 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 958 aa  240  8e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 859 aa  239  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  27.04 
 
 		 978 aa  233  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 934 aa  229  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 1097 aa  229  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 943 aa  223  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 		 994 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 945 aa  213  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  26.61 
 
 		 878 aa  210  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  26.61 
 
 		 878 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  26.61 
 
 		 878 aa  209  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  26.61 
 
 		 878 aa  207  5e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 933 aa  200  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 908 aa  197  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 927 aa  196  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 926 aa  196  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  26.4 
 
 		 908 aa  196  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 888 aa  195  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 875 aa  195  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 870 aa  194  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 976 aa  194  5e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  26.3 
 
 		 908 aa  194  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 872 aa  194  7e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 874 aa  192  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 882 aa  191  4e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 964 aa  191  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 869 aa  190  8e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  24.2 
 
 		 970 aa  189  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 921 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 912 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 908 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 924 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 919 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 902 aa  186  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 875 aa  184  5.0000000000000004e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 874 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 868 aa  184  9.000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 868 aa  182  2.9999999999999997e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 1007 aa  181  4e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 885 aa  182  4e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  23.83 
 
 		 988 aa  181  7e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  23.83 
 
 		 988 aa  181  7e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 920 aa  178  4e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 874 aa  178  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 917 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 838 aa  176  1.9999999999999998e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 942 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 943 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 941 aa  176  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 944 aa  173  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 888 aa  172  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 918 aa  171  6e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  25.53 
 
 		 918 aa  169  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 931 aa  169  2.9999999999999998e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  25.21 
 
 		 906 aa  165  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 892 aa  164  5.0000000000000005e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 1010 aa  163  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 		 963 aa  162  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 921 aa  161  5e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 911 aa  159  3e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 934 aa  158  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  31.61 
 
 		 958 aa  158  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 901 aa  158  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 979 aa  157  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 938 aa  155  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 		 1074 aa  154  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  23.55 
 
 		 941 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  23.51 
 
 		 1012 aa  154  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 939 aa  153  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  22.25 
 
 		 943 aa  153  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 967 aa  152  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 939 aa  152  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  22.73 
 
 		 940 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  23.48 
 
 		 1016 aa  151  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 929 aa  149  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 853 aa  147  9e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 904 aa  146  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 1013 aa  146  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1093  TonB-dependent receptor  32.16 
 
 		 1158 aa  145  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000168671  normal  0.12204 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  34.41 
 
 		 993 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  22.86 
 
 		 942 aa  142  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  38.94 
 
 		 1013 aa  142  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>