271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3638 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  47.69 
 
 		 958 aa  847    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 993 aa  2025    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  60.62 
 
 		 994 aa  1192    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 		 880 aa  298  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.64 
 
 		 894 aa  296  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 915 aa  259  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 1012 aa  254  6e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 961 aa  248  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  27.69 
 
 		 968 aa  246  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  27.28 
 
 		 922 aa  244  7e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  27.28 
 
 		 878 aa  244  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  27.28 
 
 		 878 aa  243  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  27.18 
 
 		 878 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  27.18 
 
 		 878 aa  243  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 927 aa  239  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 976 aa  238  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 875 aa  230  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 1009 aa  228  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 1016 aa  226  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 951 aa  225  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 1007 aa  224  4e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 1010 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 951 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 951 aa  224  9e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 919 aa  214  7e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 880 aa  214  9e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 988 aa  212  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 958 aa  211  5e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 988 aa  210  1e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 892 aa  209  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 945 aa  209  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 943 aa  207  8e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  24.37 
 
 		 960 aa  204  6e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 967 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 978 aa  201  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  24.73 
 
 		 941 aa  200  9e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  24.29 
 
 		 940 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 939 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 939 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 885 aa  198  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 914 aa  197  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  25.74 
 
 		 942 aa  195  4e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 933 aa  194  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 		 940 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 950 aa  190  9e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 1035 aa  189  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  24.66 
 
 		 906 aa  188  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  27.06 
 
 		 978 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 924 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  24.21 
 
 		 836 aa  184  8.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  25.55 
 
 		 998 aa  183  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  25.55 
 
 		 998 aa  183  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 929 aa  181  5.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 945 aa  181  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  25.37 
 
 		 998 aa  180  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  24.16 
 
 		 954 aa  176  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 918 aa  171  6e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 874 aa  170  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.59 
 
 		 959 aa  169  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 1011 aa  165  4.0000000000000004e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 853 aa  162  4e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 901 aa  160  8e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 938 aa  154  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  24.71 
 
 		 944 aa  153  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  23.43 
 
 		 970 aa  153  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  34.52 
 
 		 859 aa  151  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 		 918 aa  151  5e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 963 aa  148  4.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 936 aa  144  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 		 944 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  34.41 
 
 		 936 aa  143  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  33.88 
 
 		 964 aa  140  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  30.24 
 
 		 892 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  30.18 
 
 		 1240 aa  140  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  32.77 
 
 		 900 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  29.16 
 
 		 869 aa  137  8e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 870 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  33.78 
 
 		 881 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0887  TonB-dependent receptor  34.13 
 
 		 1236 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00309149  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 875 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  34.01 
 
 		 1097 aa  135  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  28.93 
 
 		 882 aa  135  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 868 aa  135  6e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 874 aa  134  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 868 aa  133  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 945 aa  133  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  23.04 
 
 		 1013 aa  133  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  30.99 
 
 		 927 aa  132  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  33 
 
 		 1210 aa  132  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 601 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 912 aa  132  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 921 aa  131  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  32.43 
 
 		 887 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  32.43 
 
 		 887 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 926 aa  129  3e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  32.26 
 
 		 964 aa  129  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1843  TonB-dependent receptor  41.35 
 
 		 1083 aa  129  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  unclonable  0.0000000198025  decreased coverage  0.000327731 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 		 1013 aa  127  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 908 aa  127  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 845 aa  127  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>