More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2029 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  40.1 
 
 		 946 aa  655    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  79.71 
 
 		 908 aa  1471    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  84.08 
 
 		 908 aa  1550    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  83.97 
 
 		 908 aa  1548    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  41.33 
 
 		 938 aa  666    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  46.89 
 
 		 921 aa  744    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 908 aa  1844    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  42.64 
 
 		 911 aa  661    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  45.48 
 
 		 919 aa  738    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  42.35 
 
 		 924 aa  670    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  87.02 
 
 		 906 aa  1570    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  83.97 
 
 		 908 aa  1549    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  40.5 
 
 		 945 aa  619  1e-176  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  39.03 
 
 		 906 aa  588  1e-166  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  37.71 
 
 		 974 aa  553  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  37.4 
 
 		 967 aa  551  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  37.51 
 
 		 918 aa  534  1e-150  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  36.38 
 
 		 971 aa  531  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  35.3 
 
 		 943 aa  526  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 		 1007 aa  413  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 		 940 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  33.98 
 
 		 940 aa  412  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  32.99 
 
 		 939 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  33.37 
 
 		 939 aa  409  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  32.42 
 
 		 941 aa  404  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  33.4 
 
 		 976 aa  395  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  32.65 
 
 		 942 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  30.53 
 
 		 960 aa  380  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 1010 aa  382  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 		 912 aa  367  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  30.71 
 
 		 1016 aa  369  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 921 aa  369  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 		 908 aa  353  1e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  32.13 
 
 		 836 aa  334  5e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 885 aa  324  5e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  29.64 
 
 		 959 aa  322  1.9999999999999998e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  28.96 
 
 		 901 aa  303  8.000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  29.2 
 
 		 904 aa  299  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 915 aa  295  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 894 aa  292  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  30.32 
 
 		 951 aa  282  2e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 		 951 aa  281  4e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 951 aa  279  1e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 961 aa  269  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  28.12 
 
 		 1109 aa  262  3e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 948 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 1097 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 934 aa  243  9e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  28.07 
 
 		 878 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  26.37 
 
 		 970 aa  241  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 958 aa  240  6.999999999999999e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  27.96 
 
 		 878 aa  240  1e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  27.86 
 
 		 878 aa  240  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 859 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  27.75 
 
 		 878 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 943 aa  231  6e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 		 914 aa  226  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  32.29 
 
 		 988 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 927 aa  223  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  32.11 
 
 		 988 aa  221  5e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 963 aa  221  7e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 994 aa  219  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 892 aa  218  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 990 aa  218  5.9999999999999996e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  42.47 
 
 		 312 aa  217  8e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 919 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  26.5 
 
 		 998 aa  213  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  28.69 
 
 		 892 aa  212  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  26.5 
 
 		 998 aa  211  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 978 aa  211  7e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  26.41 
 
 		 998 aa  210  9e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 998 aa  206  1e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  27.45 
 
 		 978 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 918 aa  202  3e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 926 aa  199  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 1013 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 964 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 924 aa  197  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 934 aa  197  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 967 aa  196  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 958 aa  194  5e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 1011 aa  194  6e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 964 aa  193  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  24.97 
 
 		 986 aa  190  9e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 942 aa  189  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 945 aa  189  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 941 aa  188  5e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 1006 aa  187  6e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  26.71 
 
 		 998 aa  187  7e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 944 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 875 aa  186  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 936 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 936 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  29 
 
 		 869 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 888 aa  185  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 943 aa  184  7e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 1074 aa  183  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 887 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 982 aa  181  5.999999999999999e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  25.63 
 
 		 944 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>