218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1938 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  42.46 
 
 		 946 aa  735    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  44.59 
 
 		 938 aa  783    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  74.69 
 
 		 967 aa  1482    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 971 aa  1962    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  77.27 
 
 		 974 aa  1531    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  37.02 
 
 		 908 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  37.12 
 
 		 908 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  36.72 
 
 		 906 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  37.02 
 
 		 908 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  36.01 
 
 		 908 aa  536  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  36.85 
 
 		 908 aa  526  1e-148  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  34.69 
 
 		 921 aa  452  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  33.33 
 
 		 919 aa  447  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  33.67 
 
 		 918 aa  402  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 911 aa  399  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  30.75 
 
 		 906 aa  392  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  29.14 
 
 		 924 aa  368  1e-100  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 945 aa  345  2.9999999999999997e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  29.96 
 
 		 943 aa  333  1e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  27.6 
 
 		 941 aa  292  2e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 939 aa  291  3e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 939 aa  291  4e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.69 
 
 		 940 aa  286  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  27.68 
 
 		 942 aa  282  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 988 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  27 
 
 		 988 aa  278  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 940 aa  277  7e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  27.81 
 
 		 1010 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 1007 aa  275  4.0000000000000004e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  27.25 
 
 		 959 aa  270  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 976 aa  270  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  26.91 
 
 		 960 aa  262  3e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  27.26 
 
 		 836 aa  258  4e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 908 aa  251  4e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  27.24 
 
 		 1109 aa  240  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 		 958 aa  234  5e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 901 aa  232  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 904 aa  229  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 943 aa  228  4e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 885 aa  221  6e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 1097 aa  220  7.999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 859 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 967 aa  213  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 961 aa  209  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 919 aa  207  9e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  26.77 
 
 		 878 aa  201  7e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  26.67 
 
 		 878 aa  198  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  26.48 
 
 		 878 aa  196  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  26.48 
 
 		 878 aa  196  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 918 aa  189  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 951 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 945 aa  185  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  25.29 
 
 		 970 aa  183  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 		 1016 aa  183  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 951 aa  183  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 948 aa  182  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  24.61 
 
 		 998 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 951 aa  181  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  24.61 
 
 		 998 aa  181  9e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 914 aa  173  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 978 aa  172  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 882 aa  172  4e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  24.56 
 
 		 927 aa  170  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 990 aa  169  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  35.03 
 
 		 312 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 923 aa  167  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 892 aa  167  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 894 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 900 aa  162  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 875 aa  159  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 984 aa  151  7e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 934 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  33.77 
 
 		 1013 aa  141  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  22.12 
 
 		 1074 aa  139  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  22.26 
 
 		 934 aa  139  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  29.9 
 
 		 986 aa  137  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  27.56 
 
 		 998 aa  134  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 		 924 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  32.01 
 
 		 921 aa  133  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 982 aa  132  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 982 aa  132  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  33.21 
 
 		 912 aa  132  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  33.22 
 
 		 978 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 936 aa  127  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 936 aa  126  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  36.06 
 
 		 994 aa  125  4e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  30.03 
 
 		 1210 aa  124  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  31.31 
 
 		 998 aa  124  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  30.88 
 
 		 1006 aa  122  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  33.12 
 
 		 984 aa  122  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  31.67 
 
 		 964 aa  121  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2142  TonB-dependent receptor  32.06 
 
 		 1034 aa  119  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.0000142845  normal  0.0159239 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 961 aa  118  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  35.04 
 
 		 845 aa  118  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  32.42 
 
 		 931 aa  117  6.9999999999999995e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  26.54 
 
 		 1013 aa  117  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  31.23 
 
 		 918 aa  116  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 1011 aa  115  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  37.37 
 
 		 968 aa  115  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 1008 aa  115  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>