292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1115 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 943 aa  1919    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  39.19 
 
 		 945 aa  571  1e-161  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  38.49 
 
 		 919 aa  567  1e-160  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  36.27 
 
 		 908 aa  532  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  35.95 
 
 		 908 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  35.95 
 
 		 908 aa  525  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  36.05 
 
 		 908 aa  526  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  38.7 
 
 		 918 aa  525  1e-147  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  35.85 
 
 		 906 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  35.3 
 
 		 908 aa  513  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  35.83 
 
 		 921 aa  503  1e-141  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  34.44 
 
 		 911 aa  476  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  34.82 
 
 		 924 aa  472  1.0000000000000001e-131  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 		 906 aa  425  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  30.01 
 
 		 938 aa  385  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 946 aa  382  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  31.48 
 
 		 940 aa  353  8e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  31.39 
 
 		 908 aa  352  2e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 		 976 aa  347  4e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  30.96 
 
 		 939 aa  345  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 		 988 aa  344  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 988 aa  343  9e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  30.86 
 
 		 939 aa  343  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  30.5 
 
 		 941 aa  340  5e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  29.84 
 
 		 940 aa  337  9e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  29.79 
 
 		 942 aa  333  1e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 		 971 aa  327  6e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 967 aa  327  8.000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  28.41 
 
 		 959 aa  311  2.9999999999999997e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 1007 aa  310  5.9999999999999995e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 		 974 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 885 aa  295  3e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 904 aa  292  2e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  29.73 
 
 		 836 aa  288  5e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 1010 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 921 aa  284  6.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 912 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 915 aa  281  4e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  27.09 
 
 		 960 aa  273  2e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 1016 aa  270  8.999999999999999e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 918 aa  239  3e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  25.31 
 
 		 970 aa  234  5e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 948 aa  224  4e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 1097 aa  213  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  24.66 
 
 		 986 aa  209  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 888 aa  209  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  24.37 
 
 		 1046 aa  206  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 894 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 951 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 927 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 951 aa  202  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 951 aa  202  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 934 aa  201  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 882 aa  201  6e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 1011 aa  201  6e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 875 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 920 aa  197  9e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 929 aa  194  8e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 859 aa  192  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 963 aa  192  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 900 aa  189  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  25.3 
 
 		 906 aa  188  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 931 aa  188  4e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 922 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 875 aa  186  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 887 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 881 aa  184  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 868 aa  184  7e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 887 aa  184  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  23.04 
 
 		 994 aa  182  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 868 aa  181  4e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 914 aa  181  4.999999999999999e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  36.07 
 
 		 312 aa  180  9e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 892 aa  179  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 881 aa  179  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 924 aa  177  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  25.21 
 
 		 947 aa  175  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 838 aa  172  3e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 892 aa  172  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 919 aa  172  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 836 aa  171  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  23.32 
 
 		 978 aa  169  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 925 aa  168  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 926 aa  163  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 945 aa  163  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 979 aa  163  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  23.79 
 
 		 957 aa  163  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  23.07 
 
 		 917 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  22.78 
 
 		 927 aa  161  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 934 aa  160  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 		 1006 aa  159  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 990 aa  155  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  22.75 
 
 		 838 aa  153  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  23.86 
 
 		 998 aa  153  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  23.86 
 
 		 998 aa  153  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  22.25 
 
 		 936 aa  153  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  23.76 
 
 		 998 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 853 aa  152  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  22.25 
 
 		 936 aa  152  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  22.65 
 
 		 944 aa  151  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>