227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1940 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  60.39 
 
 		 1007 aa  1235    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  47.21 
 
 		 836 aa  759    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  62.27 
 
 		 988 aa  1257    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  59.34 
 
 		 960 aa  1201    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  62.18 
 
 		 988 aa  1254    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  48.53 
 
 		 940 aa  893    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1010 aa  2048    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  47.64 
 
 		 942 aa  874    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  48.13 
 
 		 939 aa  891    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  68.09 
 
 		 1016 aa  1392    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  49.12 
 
 		 940 aa  894    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  48.13 
 
 		 939 aa  890    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  48.38 
 
 		 941 aa  884    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  64.74 
 
 		 976 aa  1279    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  35.62 
 
 		 959 aa  514  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  31.06 
 
 		 908 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  31.92 
 
 		 908 aa  392  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  62.99 
 
 		 312 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  31.16 
 
 		 908 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  31.16 
 
 		 908 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  31.05 
 
 		 906 aa  385  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  30.89 
 
 		 908 aa  374  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  31.86 
 
 		 908 aa  366  1e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 885 aa  337  7e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  29.7 
 
 		 919 aa  336  1e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  29.65 
 
 		 921 aa  318  3e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  28.08 
 
 		 918 aa  318  4e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 912 aa  317  5e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  29.02 
 
 		 921 aa  316  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 911 aa  308  3e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  27.82 
 
 		 943 aa  286  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  27.63 
 
 		 967 aa  276  1.0000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  27.1 
 
 		 945 aa  273  9e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 971 aa  266  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 915 aa  265  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 		 974 aa  264  6.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 904 aa  254  5.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 946 aa  244  3.9999999999999997e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  26.48 
 
 		 970 aa  236  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 901 aa  235  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  25.67 
 
 		 1013 aa  234  5e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 961 aa  234  6e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 948 aa  229  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 951 aa  229  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 951 aa  227  7e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  26.63 
 
 		 951 aa  226  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  26.08 
 
 		 968 aa  226  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 993 aa  224  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1386  hypothetical protein  25.4 
 
 		 1046 aa  221  6e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000408374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 963 aa  216  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 958 aa  216  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 1011 aa  216  1.9999999999999998e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 919 aa  209  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 1097 aa  208  5e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 918 aa  207  7e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  35.77 
 
 		 906 aa  202  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 938 aa  194  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 927 aa  190  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 934 aa  189  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 967 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 1036 aa  184  9.000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 918 aa  182  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 934 aa  181  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 914 aa  180  9e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 881 aa  180  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 922 aa  180  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  38.01 
 
 		 924 aa  179  2e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 1009 aa  178  4e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 978 aa  177  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  25.02 
 
 		 978 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 994 aa  175  3.9999999999999995e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 882 aa  171  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 958 aa  170  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  22.81 
 
 		 1109 aa  169  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 984 aa  167  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 892 aa  166  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 943 aa  165  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 1013 aa  165  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  22.15 
 
 		 906 aa  164  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  23.42 
 
 		 998 aa  164  9e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 961 aa  158  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 936 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 936 aa  157  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 942 aa  154  8e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2542  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 1048 aa  152  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000765383  decreased coverage  0.00000552533 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 		 941 aa  153  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 945 aa  152  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 901 aa  151  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 1013 aa  151  6e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 944 aa  151  6e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 924 aa  150  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 		 923 aa  145  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 917 aa  141  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  22.66 
 
 		 998 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  22.66 
 
 		 998 aa  140  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  22.88 
 
 		 943 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  22.64 
 
 		 998 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 984 aa  138  7.000000000000001e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 853 aa  132  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 894 aa  129  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>