More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1787 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  40.69 
 
 		 946 aa  649    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  46.77 
 
 		 921 aa  735    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 906 aa  1837    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  41.54 
 
 		 938 aa  664    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  45.63 
 
 		 919 aa  750    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  78.42 
 
 		 908 aa  1441    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  87.02 
 
 		 908 aa  1570    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  42.34 
 
 		 911 aa  645    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  86.23 
 
 		 908 aa  1597    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  86.23 
 
 		 908 aa  1595    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0866  TonB-dependent receptor  42.15 
 
 		 924 aa  651    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  86.23 
 
 		 908 aa  1595    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  39.69 
 
 		 945 aa  616  1e-175  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  39.89 
 
 		 906 aa  606  9.999999999999999e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  37.22 
 
 		 967 aa  566  1e-160  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  38.04 
 
 		 918 aa  552  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  36.39 
 
 		 971 aa  549  1e-155  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  36.84 
 
 		 974 aa  548  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  35.85 
 
 		 943 aa  531  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  34.01 
 
 		 940 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  33.33 
 
 		 941 aa  431  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  33.57 
 
 		 939 aa  429  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 		 939 aa  429  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  33.54 
 
 		 940 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 1007 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  32.48 
 
 		 942 aa  395  1e-108  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  31.05 
 
 		 1010 aa  392  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  32.88 
 
 		 976 aa  389  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  30.95 
 
 		 960 aa  382  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 		 1016 aa  371  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 		 921 aa  360  5e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 912 aa  360  8e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  33.29 
 
 		 836 aa  355  2e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  30.25 
 
 		 908 aa  347  5e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  29.22 
 
 		 885 aa  322  3e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  30.12 
 
 		 959 aa  319  2e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  29.75 
 
 		 904 aa  315  2.9999999999999996e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 901 aa  295  3e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 894 aa  292  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 915 aa  276  1.0000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 961 aa  274  7e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 951 aa  261  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 951 aa  262  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 951 aa  260  8e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 948 aa  253  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 934 aa  253  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  26.36 
 
 		 970 aa  248  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  27.14 
 
 		 1109 aa  245  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 943 aa  240  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 958 aa  231  4e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 859 aa  231  7e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  27.32 
 
 		 906 aa  228  4e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 892 aa  226  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  27.65 
 
 		 878 aa  225  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  28.05 
 
 		 878 aa  224  6e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 1097 aa  224  6e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  28.05 
 
 		 878 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 		 988 aa  218  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 		 988 aa  218  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 927 aa  217  7e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4482  hypothetical protein  41.55 
 
 		 312 aa  217  7e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 919 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 914 aa  215  2.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 978 aa  212  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 963 aa  212  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  25.74 
 
 		 990 aa  211  4e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 994 aa  209  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 875 aa  203  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 926 aa  199  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 924 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 934 aa  197  8.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 868 aa  197  8.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 1011 aa  196  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 967 aa  194  6e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 868 aa  194  9e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 918 aa  193  9e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 888 aa  193  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 		 1074 aa  192  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  26.3 
 
 		 998 aa  190  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 		 923 aa  189  3e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 944 aa  188  4e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  24.27 
 
 		 986 aa  188  5e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 880 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 942 aa  185  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 964 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  25.84 
 
 		 927 aa  184  6e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  25.08 
 
 		 968 aa  184  8.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 941 aa  183  1e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 889 aa  182  2.9999999999999997e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 874 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  27.96 
 
 		 1006 aa  181  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 881 aa  180  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 920 aa  180  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  28.74 
 
 		 978 aa  179  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 943 aa  179  3e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 853 aa  178  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 887 aa  179  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 986 aa  178  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 917 aa  177  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  25.81 
 
 		 954 aa  177  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>