More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0952 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  100 
 
 		 906 aa  1855    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  38.31 
 
 		 918 aa  560  1e-158  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  36.77 
 
 		 929 aa  483  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  35.68 
 
 		 931 aa  457  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  33.86 
 
 		 957 aa  429  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 933 aa  331  4e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 		 958 aa  275  2.0000000000000002e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  28.07 
 
 		 920 aa  242  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 859 aa  243  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 875 aa  239  2e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 951 aa  238  3e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 951 aa  238  4e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 914 aa  236  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 1006 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 892 aa  230  7e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 945 aa  229  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 870 aa  226  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  26.99 
 
 		 986 aa  226  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 923 aa  224  7e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  27.92 
 
 		 880 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 927 aa  219  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 921 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  26.2 
 
 		 915 aa  217  5.9999999999999996e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  28.04 
 
 		 978 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 912 aa  213  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  26.68 
 
 		 882 aa  208  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 958 aa  206  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 900 aa  206  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 1007 aa  202  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 874 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 881 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 939 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 939 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 934 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 984 aa  196  1e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  33.82 
 
 		 1109 aa  195  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  26.14 
 
 		 998 aa  192  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  37.22 
 
 		 943 aa  192  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  24.19 
 
 		 942 aa  192  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 922 aa  191  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 845 aa  190  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 943 aa  188  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 892 aa  188  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 993 aa  188  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  24.45 
 
 		 960 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2137  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 1013 aa  185  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.255977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 976 aa  184  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 904 aa  183  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 945 aa  179  2e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  37.03 
 
 		 1097 aa  179  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  23.64 
 
 		 940 aa  177  6e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 836 aa  174  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  34.38 
 
 		 894 aa  174  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1838  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 979 aa  173  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.534381  hitchhiker  0.00298176 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 984 aa  172  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  25.21 
 
 		 945 aa  171  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  37.07 
 
 		 990 aa  170  9e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 944 aa  168  5e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  36 
 
 		 967 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 950 aa  167  5.9999999999999996e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  35.24 
 
 		 1011 aa  167  8e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 936 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 1035 aa  166  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 936 aa  165  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  35.4 
 
 		 919 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  22.15 
 
 		 1010 aa  164  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  33.76 
 
 		 961 aa  163  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.33 
 
 		 838 aa  162  3e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  36.75 
 
 		 1017 aa  161  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  31.32 
 
 		 1008 aa  161  6e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 902 aa  160  9e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  33.53 
 
 		 948 aa  159  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  37.28 
 
 		 961 aa  159  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  33.44 
 
 		 925 aa  159  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  33.25 
 
 		 1048 aa  159  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 951 aa  158  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  36.28 
 
 		 1210 aa  158  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  34.47 
 
 		 987 aa  158  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2126  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 986 aa  155  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593846  normal  0.258054 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  23.28 
 
 		 836 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  34.8 
 
 		 994 aa  154  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 942 aa  153  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  30.09 
 
 		 1240 aa  152  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 944 aa  151  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  34.89 
 
 		 1013 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03867  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 		 977 aa  148  4.0000000000000006e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  33.02 
 
 		 990 aa  148  5e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 941 aa  148  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  34.63 
 
 		 982 aa  146  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  34.63 
 
 		 982 aa  146  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  31.83 
 
 		 998 aa  142  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  33.23 
 
 		 998 aa  141  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  34.22 
 
 		 998 aa  141  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  33.23 
 
 		 998 aa  141  7e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 868 aa  140  7e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  32.04 
 
 		 1074 aa  140  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  31.19 
 
 		 875 aa  139  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  31.51 
 
 		 878 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  31.51 
 
 		 878 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  31.51 
 
 		 878 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>