More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4064 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012560  Avin_04960  TonB-dependent receptor  71.26 
 
 		 842 aa  1189    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143885  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  48.16 
 
 		 943 aa  759    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3242  TonB-dependent receptor, putative  70.17 
 
 		 838 aa  1202    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  48.18 
 
 		 917 aa  756    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 836 aa  1694    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4000  hypothetical protein  46.53 
 
 		 972 aa  758    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.463681 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2082  TonB-dependent receptor  48.65 
 
 		 942 aa  765    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  48.06 
 
 		 941 aa  770    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  48.65 
 
 		 944 aa  769    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3988  TonB-dependent receptor  41.78 
 
 		 945 aa  593  1e-168  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.647159  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  41.82 
 
 		 901 aa  590  1e-167  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0532  TonB-dependent receptor  38.65 
 
 		 936 aa  496  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0904706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1557  TonB-dependent receptor  33.61 
 
 		 853 aa  401  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2369  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 935 aa  378  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.415062 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0102  TonB-dependent receptor  32.35 
 
 		 946 aa  357  5e-97  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.436886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1121  TonB-dependent receptor plug  32.43 
 
 		 919 aa  336  9e-91  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1535  TonB-dependent receptor  31.93 
 
 		 972 aa  322  3e-86  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.39302  normal  0.5632 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00302  TonB-dependent receptor  31.66 
 
 		 746 aa  312  2e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0777336  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1034  TonB-dependent receptor  28.56 
 
 		 938 aa  304  5.000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1368  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 962 aa  272  2e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0425757  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  26.3 
 
 		 992 aa  253  8.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4146  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 961 aa  243  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0960595  normal  0.432652 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3110  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 943 aa  235  3e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.183565  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 915 aa  227  8e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 958 aa  226  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  28.54 
 
 		 892 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 880 aa  223  8e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 888 aa  220  7.999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 859 aa  213  7.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 929 aa  209  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 931 aa  209  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 875 aa  206  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 908 aa  201  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 875 aa  201  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02336  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 889 aa  198  4.0000000000000005e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0825116  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  27.49 
 
 		 947 aa  192  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 869 aa  190  7e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04688  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 918 aa  185  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 900 aa  182  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 870 aa  182  2.9999999999999997e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 887 aa  180  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 		 887 aa  177  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  25.77 
 
 		 906 aa  177  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 		 943 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 933 aa  175  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  25.09 
 
 		 872 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 874 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 		 881 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 881 aa  173  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  23.66 
 
 		 919 aa  171  8e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  24.25 
 
 		 874 aa  169  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 924 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 927 aa  164  4.0000000000000004e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03327  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 862 aa  165  4.0000000000000004e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 921 aa  164  5.0000000000000005e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2472  TonB-dependent receptor  23.3 
 
 		 1004 aa  164  8.000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 874 aa  162  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 888 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  22.49 
 
 		 906 aa  160  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 901 aa  160  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2444  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 1001 aa  160  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 920 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 892 aa  157  6e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 		 904 aa  157  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  23.42 
 
 		 926 aa  155  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 944 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4721  TonB-dependent receptor  22.58 
 
 		 917 aa  149  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 838 aa  144  5e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 945 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  34.25 
 
 		 958 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 894 aa  142  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2398  TonB-dependent receptor plug  23.32 
 
 		 932 aa  140  8.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 911 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 961 aa  130  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  32 
 
 		 943 aa  129  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 994 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 885 aa  128  5e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  31.29 
 
 		 1109 aa  128  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  36.19 
 
 		 1097 aa  127  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 961 aa  126  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 923 aa  124  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1075  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 601 aa  124  6e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 902 aa  123  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 976 aa  123  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  31.18 
 
 		 919 aa  122  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 921 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 940 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  28.97 
 
 		 941 aa  121  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  30.15 
 
 		 878 aa  120  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 912 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  23.13 
 
 		 836 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  30.15 
 
 		 878 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  30.15 
 
 		 878 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 939 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 993 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  33.77 
 
 		 998 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 939 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  30.15 
 
 		 878 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  32.96 
 
 		 914 aa  119  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  32.27 
 
 		 990 aa  116  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>