More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1397 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  58.34 
 
 		 982 aa  1162    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  73.31 
 
 		 998 aa  1550    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 1008 aa  2050    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  58.34 
 
 		 982 aa  1162    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  38.29 
 
 		 967 aa  640    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  36.08 
 
 		 990 aa  619  1e-176  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  34.42 
 
 		 994 aa  558  1e-157  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  35.4 
 
 		 990 aa  522  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  35.43 
 
 		 998 aa  521  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  34.74 
 
 		 998 aa  520  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  34.84 
 
 		 998 aa  521  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  35.36 
 
 		 978 aa  522  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  36.7 
 
 		 984 aa  523  1e-146  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  34.84 
 
 		 998 aa  522  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  34.91 
 
 		 986 aa  516  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  35.04 
 
 		 1017 aa  507  9.999999999999999e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  35.02 
 
 		 945 aa  502  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  34.24 
 
 		 920 aa  473  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  34.22 
 
 		 944 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  34.77 
 
 		 987 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  33.57 
 
 		 924 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  33.3 
 
 		 1013 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  32.87 
 
 		 961 aa  459  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  32.44 
 
 		 1097 aa  459  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  32.83 
 
 		 1006 aa  457  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  33.07 
 
 		 923 aa  454  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  32.33 
 
 		 958 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  31.86 
 
 		 943 aa  420  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  31.73 
 
 		 1035 aa  420  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  30.65 
 
 		 1109 aa  410  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  31.75 
 
 		 1011 aa  395  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 914 aa  379  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  30.04 
 
 		 919 aa  367  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 984 aa  342  2.9999999999999998e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 1074 aa  329  2.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 948 aa  274  5.000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 894 aa  265  4.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 951 aa  263  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 951 aa  262  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 951 aa  263  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 859 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  37.69 
 
 		 1048 aa  235  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 915 aa  232  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  27.35 
 
 		 906 aa  226  1e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 869 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 874 aa  201  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  25.31 
 
 		 968 aa  192  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.93 
 
 		 908 aa  191  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 908 aa  190  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 934 aa  190  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 938 aa  190  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.84 
 
 		 908 aa  190  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 946 aa  182  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  37.62 
 
 		 961 aa  181  8e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 957 aa  176  1.9999999999999998e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 944 aa  171  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 967 aa  171  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  25.05 
 
 		 976 aa  169  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 926 aa  169  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 		 901 aa  170  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 934 aa  169  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 1009 aa  167  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  22.84 
 
 		 978 aa  163  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 875 aa  160  8e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  34.64 
 
 		 1036 aa  159  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  23.25 
 
 		 940 aa  159  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  38.78 
 
 		 882 aa  157  8e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  34.22 
 
 		 878 aa  157  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  34.2 
 
 		 892 aa  157  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  22.96 
 
 		 1007 aa  156  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 906 aa  156  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  34.22 
 
 		 878 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  33.92 
 
 		 878 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  34.22 
 
 		 878 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  39.75 
 
 		 887 aa  154  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  31.33 
 
 		 1047 aa  154  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  39.34 
 
 		 887 aa  153  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 904 aa  153  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  23.45 
 
 		 940 aa  153  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 984 aa  152  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  37.55 
 
 		 900 aa  152  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  36.86 
 
 		 870 aa  150  8e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  37.96 
 
 		 881 aa  150  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  32.71 
 
 		 927 aa  149  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  36.21 
 
 		 964 aa  146  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  28.18 
 
 		 925 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  35.69 
 
 		 888 aa  142  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  38.12 
 
 		 880 aa  142  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  38.65 
 
 		 872 aa  142  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  40.89 
 
 		 892 aa  140  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  35.37 
 
 		 874 aa  140  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  30.31 
 
 		 845 aa  140  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 1240 aa  140  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  30.84 
 
 		 964 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1072  TonB-dependent receptor, plug  40.49 
 
 		 271 aa  138  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  35.63 
 
 		 1210 aa  139  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  34.55 
 
 		 874 aa  135  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  32.75 
 
 		 931 aa  135  3.9999999999999996e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  34.59 
 
 		 875 aa  132  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  34.84 
 
 		 918 aa  132  4.0000000000000003e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>