More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2390 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  63.93 
 
 		 1097 aa  1439    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  60.39 
 
 		 943 aa  1155    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  72.65 
 
 		 958 aa  1456    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  43.1 
 
 		 1074 aa  829    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  100 
 
 		 1109 aa  2268    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  42.96 
 
 		 914 aa  654    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  36.64 
 
 		 919 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  36.96 
 
 		 967 aa  559  1e-157  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  36.52 
 
 		 945 aa  536  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  35.72 
 
 		 924 aa  530  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  35.28 
 
 		 923 aa  528  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  36.29 
 
 		 920 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  35.83 
 
 		 994 aa  520  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  34.14 
 
 		 990 aa  483  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  34.26 
 
 		 1006 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  34.45 
 
 		 978 aa  469  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  31.97 
 
 		 998 aa  431  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  32.66 
 
 		 984 aa  432  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 		 998 aa  425  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 		 982 aa  417  9.999999999999999e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 		 982 aa  417  9.999999999999999e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  33.27 
 
 		 990 aa  414  1e-114  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 984 aa  402  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 		 1008 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  32.03 
 
 		 961 aa  395  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  31.54 
 
 		 1048 aa  385  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 961 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 		 951 aa  370  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 		 951 aa  372  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 		 951 aa  371  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 		 948 aa  369  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 934 aa  323  9.999999999999999e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 		 1035 aa  296  1e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  42.14 
 
 		 986 aa  295  4e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  40.18 
 
 		 998 aa  261  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  40.18 
 
 		 998 aa  261  6e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  39.77 
 
 		 998 aa  260  8e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 984 aa  258  4e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  40.72 
 
 		 1011 aa  257  8e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  38.76 
 
 		 1017 aa  256  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  39.91 
 
 		 1013 aa  253  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 908 aa  252  3e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  28.03 
 
 		 908 aa  249  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  26.36 
 
 		 927 aa  247  6.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  41.07 
 
 		 944 aa  239  3e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 974 aa  239  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 845 aa  236  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 934 aa  236  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 908 aa  234  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  28.26 
 
 		 908 aa  233  1e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  28.15 
 
 		 908 aa  233  1e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 967 aa  231  8e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  26.94 
 
 		 968 aa  231  8e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 946 aa  229  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 971 aa  228  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 938 aa  223  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  35.43 
 
 		 987 aa  222  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 902 aa  218  4e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  26.23 
 
 		 954 aa  214  7e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 1009 aa  210  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 		 1012 aa  201  9e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1279  rhodanese-like protein  24.93 
 
 		 990 aa  196  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal  0.344193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  33.82 
 
 		 906 aa  195  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  37.17 
 
 		 927 aa  193  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  39.27 
 
 		 859 aa  192  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  35.43 
 
 		 894 aa  190  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  37.81 
 
 		 892 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  38.59 
 
 		 918 aa  182  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 1011 aa  176  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  37.04 
 
 		 875 aa  175  5e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  38.44 
 
 		 931 aa  174  6.999999999999999e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0889  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.02 
 
 		 992 aa  174  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000114339  unclonable  0.0000000138215 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  35.03 
 
 		 964 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 		 1010 aa  169  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  33.99 
 
 		 1036 aa  167  1.0000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  38.18 
 
 		 892 aa  164  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  36.71 
 
 		 874 aa  162  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 945 aa  160  9e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  29.53 
 
 		 900 aa  160  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  38.6 
 
 		 929 aa  160  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  34.88 
 
 		 888 aa  160  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  35.64 
 
 		 869 aa  160  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  29.18 
 
 		 915 aa  159  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 874 aa  159  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  32.32 
 
 		 882 aa  159  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  35.28 
 
 		 878 aa  157  9e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  34.07 
 
 		 880 aa  157  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  35.28 
 
 		 878 aa  157  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  36.95 
 
 		 957 aa  157  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  33.6 
 
 		 919 aa  157  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  34.86 
 
 		 875 aa  157  1e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  35.28 
 
 		 878 aa  157  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  35.28 
 
 		 878 aa  157  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  36.13 
 
 		 872 aa  157  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  31.38 
 
 		 888 aa  156  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  31.65 
 
 		 881 aa  157  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  34.55 
 
 		 870 aa  155  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  31.98 
 
 		 904 aa  154  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2123  TonB-dependent receptor  34.49 
 
 		 925 aa  154  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.154655 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  32.99 
 
 		 964 aa  153  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>