More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1399 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  40.64 
 
 		 982 aa  700    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  39.6 
 
 		 994 aa  646    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  42.38 
 
 		 990 aa  776    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  38.81 
 
 		 998 aa  678    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 967 aa  1988    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  40.64 
 
 		 982 aa  700    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  40.99 
 
 		 945 aa  631  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  38.29 
 
 		 1008 aa  630  1e-179  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  40.69 
 
 		 978 aa  621  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  38.68 
 
 		 986 aa  611  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  39.26 
 
 		 924 aa  610  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  39.63 
 
 		 1006 aa  586  1e-166  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  37.48 
 
 		 998 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  39.25 
 
 		 958 aa  577  1.0000000000000001e-163  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  36.92 
 
 		 998 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  37 
 
 		 998 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  36.53 
 
 		 990 aa  564  1.0000000000000001e-159  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  36.92 
 
 		 998 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  37.13 
 
 		 1017 aa  564  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  38 
 
 		 1097 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  37.34 
 
 		 984 aa  560  1e-158  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  37.17 
 
 		 943 aa  557  1e-157  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  35.58 
 
 		 920 aa  556  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  36.96 
 
 		 1109 aa  559  1e-157  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  36.72 
 
 		 987 aa  550  1e-155  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  37.85 
 
 		 961 aa  538  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  35.28 
 
 		 923 aa  538  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  36.49 
 
 		 944 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  35.49 
 
 		 1035 aa  513  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  33.87 
 
 		 1013 aa  503  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  35.04 
 
 		 1048 aa  502  1e-140  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  35.82 
 
 		 914 aa  492  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  33.57 
 
 		 919 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 		 1011 aa  434  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  31.89 
 
 		 1074 aa  429  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  29.78 
 
 		 984 aa  369  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.79 
 
 		 961 aa  301  4e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 894 aa  286  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.79 
 
 		 948 aa  280  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  27.44 
 
 		 882 aa  272  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 951 aa  270  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 		 951 aa  269  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 951 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 870 aa  255  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 869 aa  250  7e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 934 aa  244  6e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 892 aa  240  6.999999999999999e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 918 aa  238  3e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 880 aa  228  4e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 922 aa  227  8e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 874 aa  224  9e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 908 aa  218  5.9999999999999996e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 967 aa  215  3.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 927 aa  214  5.999999999999999e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 881 aa  209  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 971 aa  207  6e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 933 aa  206  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 934 aa  202  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 993 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 939 aa  202  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 940 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 939 aa  200  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  24.98 
 
 		 908 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  25.53 
 
 		 940 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 988 aa  199  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 908 aa  198  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 988 aa  197  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  24.78 
 
 		 908 aa  197  6e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 976 aa  194  5e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  24.04 
 
 		 942 aa  193  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 994 aa  193  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  24.47 
 
 		 984 aa  193  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 		 1016 aa  192  4e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  25.45 
 
 		 908 aa  191  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 902 aa  190  1e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 1010 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  24.63 
 
 		 941 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 908 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 906 aa  185  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 1009 aa  184  8.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 978 aa  182  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 		 926 aa  178  5e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  22.51 
 
 		 1007 aa  173  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 950 aa  172  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  23.29 
 
 		 918 aa  172  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 859 aa  171  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  36 
 
 		 906 aa  167  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  34.33 
 
 		 1047 aa  167  6.9999999999999995e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  34.82 
 
 		 964 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  22.62 
 
 		 960 aa  165  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  34.2 
 
 		 900 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 904 aa  165  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  31.71 
 
 		 874 aa  163  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  35.43 
 
 		 878 aa  162  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  34.23 
 
 		 964 aa  161  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  35.1 
 
 		 878 aa  161  7e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  35.1 
 
 		 878 aa  161  7e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  35.1 
 
 		 878 aa  160  7e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 		 881 aa  160  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 1036 aa  158  5.0000000000000005e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>