More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1192 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 948 aa  1936    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  74.16 
 
 		 951 aa  1423    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  73.94 
 
 		 951 aa  1419    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  73.94 
 
 		 951 aa  1419    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  35.66 
 
 		 934 aa  519  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 		 943 aa  370  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  30.68 
 
 		 1109 aa  369  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 1097 aa  348  3e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 919 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 958 aa  338  1.9999999999999998e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.61 
 
 		 894 aa  326  1e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 927 aa  317  7e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 990 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 915 aa  311  2.9999999999999997e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 961 aa  306  1.0000000000000001e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  28.02 
 
 		 859 aa  305  4.0000000000000003e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  28.92 
 
 		 914 aa  297  5e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 1074 aa  293  7e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 923 aa  289  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 875 aa  288  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  28.56 
 
 		 998 aa  286  9e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 		 990 aa  285  4.0000000000000003e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  28.99 
 
 		 880 aa  281  3e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 		 920 aa  281  5e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  27.79 
 
 		 967 aa  280  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  28.79 
 
 		 878 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 924 aa  279  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  28.66 
 
 		 878 aa  279  2e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  27.5 
 
 		 986 aa  278  3e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 984 aa  277  6e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  28.53 
 
 		 878 aa  277  8e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  28.56 
 
 		 878 aa  276  9e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 921 aa  275  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  27.42 
 
 		 912 aa  274  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  27.87 
 
 		 968 aa  273  2e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 982 aa  269  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 982 aa  269  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  27.44 
 
 		 978 aa  269  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 1008 aa  266  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 		 987 aa  265  3e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 994 aa  263  8.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  25.82 
 
 		 998 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  25.54 
 
 		 998 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  25.82 
 
 		 998 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 888 aa  259  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 892 aa  257  8e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 922 aa  257  8e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 881 aa  256  2.0000000000000002e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 868 aa  254  4.0000000000000004e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 892 aa  254  6e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 926 aa  254  6e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 868 aa  254  7e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 		 998 aa  252  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 885 aa  251  4e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  27.4 
 
 		 908 aa  250  7e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 887 aa  249  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 887 aa  249  2e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 988 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 		 875 aa  244  3.9999999999999997e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 988 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 976 aa  244  6e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 934 aa  244  7.999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 939 aa  242  2e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 		 939 aa  241  5e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  27.17 
 
 		 940 aa  241  5.999999999999999e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 906 aa  241  5.999999999999999e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  24.87 
 
 		 944 aa  239  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 940 aa  239  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 936 aa  239  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 		 936 aa  238  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  27.43 
 
 		 941 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  27.07 
 
 		 908 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  26.97 
 
 		 908 aa  234  5e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 908 aa  234  6e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 908 aa  233  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 933 aa  232  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  25.74 
 
 		 954 aa  232  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 931 aa  232  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 1016 aa  231  5e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 1035 aa  231  5e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  26.82 
 
 		 1010 aa  229  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 944 aa  229  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  26.4 
 
 		 945 aa  228  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 		 957 aa  228  5.0000000000000005e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  26.11 
 
 		 942 aa  227  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  28.24 
 
 		 961 aa  225  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 943 aa  224  4e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 904 aa  224  4e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 1011 aa  223  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 		 918 aa  223  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 900 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 838 aa  217  9.999999999999999e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  24.4 
 
 		 927 aa  216  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 946 aa  215  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 1006 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  25.22 
 
 		 960 aa  213  1e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  25.73 
 
 		 918 aa  213  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 994 aa  212  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 921 aa  211  7e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 906 aa  210  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>