More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2537 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  72.77 
 
 		 948 aa  1433    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  99.26 
 
 		 951 aa  1928    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 951 aa  1942    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  99.79 
 
 		 951 aa  1939    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  36.4 
 
 		 934 aa  550  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 943 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  30.68 
 
 		 1109 aa  372  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  31.77 
 
 		 894 aa  365  2e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  30.23 
 
 		 958 aa  364  5.0000000000000005e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  30.27 
 
 		 1097 aa  363  1e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  30.4 
 
 		 961 aa  362  3e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  31.27 
 
 		 915 aa  348  2e-94  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 919 aa  345  2e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 859 aa  338  3.9999999999999995e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  29.11 
 
 		 1074 aa  317  9e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 914 aa  313  6.999999999999999e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  29.3 
 
 		 875 aa  313  7.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  28.45 
 
 		 927 aa  313  7.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 923 aa  313  9e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 921 aa  304  4.0000000000000003e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 912 aa  302  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  29.35 
 
 		 878 aa  301  4e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 908 aa  301  5e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  29.35 
 
 		 878 aa  301  5e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  29.25 
 
 		 878 aa  300  1e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 984 aa  299  2e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  29.15 
 
 		 878 aa  297  5e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  29.93 
 
 		 880 aa  296  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 922 aa  295  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 990 aa  291  3e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  27.69 
 
 		 998 aa  291  6e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 		 920 aa  289  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  27.77 
 
 		 968 aa  288  2.9999999999999996e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 990 aa  284  5.000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 982 aa  283  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 		 982 aa  283  1e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  26.59 
 
 		 986 aa  283  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 908 aa  283  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 994 aa  280  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  28.32 
 
 		 908 aa  278  5e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 976 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 881 aa  276  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 961 aa  274  6e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 1047 aa  273  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  28.73 
 
 		 888 aa  272  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 967 aa  270  8.999999999999999e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 934 aa  269  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  27.61 
 
 		 998 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 926 aa  267  5.999999999999999e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  28.33 
 
 		 881 aa  266  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 978 aa  266  1e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 		 945 aa  266  2e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 936 aa  265  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 936 aa  265  4e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 		 887 aa  264  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  29.7 
 
 		 845 aa  263  8.999999999999999e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 944 aa  263  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 988 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 885 aa  263  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 908 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  27.56 
 
 		 908 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  27.59 
 
 		 908 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 988 aa  262  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  28.15 
 
 		 904 aa  261  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  28.19 
 
 		 887 aa  260  7e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 964 aa  259  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 940 aa  258  5e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 939 aa  258  5e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 924 aa  257  9e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 939 aa  257  9e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 906 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 1008 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 1007 aa  253  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  25.77 
 
 		 941 aa  253  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 892 aa  253  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  27.45 
 
 		 942 aa  251  5e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 931 aa  248  3e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 957 aa  248  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  25.7 
 
 		 927 aa  244  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 900 aa  243  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.94 
 
 		 940 aa  241  6.999999999999999e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  26.6 
 
 		 906 aa  240  9e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  26.94 
 
 		 1016 aa  239  2e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 918 aa  238  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  26.25 
 
 		 1006 aa  239  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  25.55 
 
 		 970 aa  236  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  26.77 
 
 		 960 aa  235  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 1010 aa  232  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 902 aa  230  9e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  25.37 
 
 		 954 aa  230  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 		 1013 aa  229  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 963 aa  228  3e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  26.56 
 
 		 836 aa  227  8e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  27.57 
 
 		 1035 aa  225  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 993 aa  225  4e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  25.83 
 
 		 918 aa  220  7.999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.47 
 
 		 959 aa  220  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  25.99 
 
 		 950 aa  220  1e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04315  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 838 aa  219  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 984 aa  214  5.999999999999999e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>