269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3686 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 919 aa  1872    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  39.38 
 
 		 943 aa  622  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  39.07 
 
 		 1097 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  37.51 
 
 		 958 aa  580  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  36.64 
 
 		 1109 aa  563  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  32.44 
 
 		 1074 aa  468  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  35.78 
 
 		 914 aa  461  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 945 aa  457  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  33.57 
 
 		 967 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  34.15 
 
 		 986 aa  448  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 		 924 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  33.54 
 
 		 923 aa  430  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  33.16 
 
 		 920 aa  423  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 990 aa  424  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 		 994 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  33.47 
 
 		 978 aa  405  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  30.69 
 
 		 998 aa  374  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  31.63 
 
 		 1017 aa  374  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  29.53 
 
 		 998 aa  371  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  31.82 
 
 		 984 aa  372  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  31.74 
 
 		 1006 aa  372  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 		 1008 aa  367  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  30.72 
 
 		 998 aa  357  5.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  30.74 
 
 		 998 aa  357  5.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  30.74 
 
 		 998 aa  357  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 961 aa  356  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  30.38 
 
 		 987 aa  353  8e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  31.56 
 
 		 990 aa  352  1e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 982 aa  349  1e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 982 aa  349  1e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 951 aa  346  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  30.45 
 
 		 984 aa  345  2e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  29.04 
 
 		 951 aa  345  2e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  29.95 
 
 		 1035 aa  342  1e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  29.51 
 
 		 951 aa  342  2e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 948 aa  341  2.9999999999999998e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 894 aa  340  5e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 934 aa  336  1e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  30.38 
 
 		 944 aa  335  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 961 aa  330  9e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 859 aa  297  7e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 927 aa  282  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  27.26 
 
 		 878 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  27.16 
 
 		 878 aa  263  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  27.26 
 
 		 878 aa  262  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 918 aa  263  2e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  27.06 
 
 		 878 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 		 900 aa  259  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 874 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 892 aa  254  6e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 		 868 aa  249  2e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 888 aa  248  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 868 aa  247  6.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 874 aa  247  9e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 934 aa  246  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 887 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  26.66 
 
 		 875 aa  242  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 870 aa  243  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 		 887 aa  243  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 874 aa  239  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 888 aa  236  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 869 aa  232  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 880 aa  232  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 1016 aa  229  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 976 aa  230  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 915 aa  227  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 974 aa  226  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 		 1009 aa  225  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 931 aa  222  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 1047 aa  221  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 908 aa  219  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  25.76 
 
 		 968 aa  219  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  36 
 
 		 1013 aa  219  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 933 aa  215  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 993 aa  214  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 929 aa  212  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 967 aa  211  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 906 aa  211  6e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 		 1010 aa  209  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 988 aa  208  4e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 908 aa  207  5e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  25.6 
 
 		 988 aa  207  6e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 908 aa  207  6e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.61 
 
 		 908 aa  207  8e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 994 aa  207  9e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.29 
 
 		 908 aa  204  5e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  24.87 
 
 		 908 aa  201  6e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 889 aa  198  3e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 1007 aa  196  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  25.26 
 
 		 954 aa  195  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 918 aa  195  4e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 971 aa  193  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  24.45 
 
 		 960 aa  192  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 940 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 945 aa  189  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 885 aa  188  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 978 aa  186  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2048  TonB-dependent receptor  24.27 
 
 		 944 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00100179  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  24.62 
 
 		 941 aa  185  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  34.95 
 
 		 1011 aa  184  5.0000000000000004e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>