296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1101 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  100 
 
 
1011 aa  2069    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  40.71 
 
 
998 aa  689    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  40.61 
 
 
998 aa  690    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  40.27 
 
 
998 aa  683    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  40.61 
 
 
998 aa  688    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  40.99 
 
 
978 aa  682    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  40.9 
 
 
944 aa  663    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  38.96 
 
 
1013 aa  624  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  36.28 
 
 
1017 aa  568  1e-160  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  37.08 
 
 
984 aa  568  1e-160  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  35.6 
 
 
994 aa  537  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  36.27 
 
 
986 aa  536  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 
990 aa  491  1e-137  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  34.33 
 
 
987 aa  474  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  33.36 
 
 
1006 aa  456  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  33.11 
 
 
967 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  33.21 
 
 
920 aa  428  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  32.41 
 
 
982 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  32.41 
 
 
982 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  31.43 
 
 
990 aa  424  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 
1035 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  32.27 
 
 
924 aa  413  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  31.31 
 
 
914 aa  403  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  31.78 
 
 
1008 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  30.33 
 
 
998 aa  395  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  40.72 
 
 
1109 aa  257  9e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  34.51 
 
 
961 aa  249  2e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 
984 aa  239  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  37.71 
 
 
1097 aa  237  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  33.14 
 
 
1048 aa  231  5e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 
961 aa  231  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 
943 aa  229  1e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  26.71 
 
 
948 aa  226  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  37.25 
 
 
945 aa  224  8e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  38.99 
 
 
958 aa  223  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  32.12 
 
 
923 aa  221  3.9999999999999997e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 
994 aa  205  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 
951 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 
951 aa  201  6e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 
951 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  36.82 
 
 
934 aa  196  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  34.95 
 
 
919 aa  184  6e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  26.25 
 
 
959 aa  181  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  35.36 
 
 
1074 aa  176  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 
984 aa  171  6e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  35.24 
 
 
906 aa  167  9e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  34.36 
 
 
964 aa  162  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 
918 aa  160  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0122  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 
964 aa  159  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00390144  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  35.99 
 
 
927 aa  157  6e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  32.1 
 
 
878 aa  157  9e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3075  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 
988 aa  157  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000179572 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1315  TonB-dependent receptor  24.3 
 
 
988 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.243965 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  32.1 
 
 
878 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  32.1 
 
 
878 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  32.1 
 
 
878 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  34.85 
 
 
892 aa  155  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  35.87 
 
 
931 aa  154  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  37.76 
 
 
929 aa  152  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  38.63 
 
 
957 aa  150  9e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  34.09 
 
 
1210 aa  150  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 
976 aa  148  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 
978 aa  147  7.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2995  TonB-dependent receptor  33.24 
 
 
933 aa  145  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  32.67 
 
 
908 aa  145  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  31.17 
 
 
1036 aa  145  5e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  35.31 
 
 
845 aa  144  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  32.45 
 
 
1047 aa  144  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  34.1 
 
 
859 aa  140  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
963 aa  139  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  33.94 
 
 
915 aa  139  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  30.6 
 
 
945 aa  138  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 
900 aa  137  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 
958 aa  136  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  32.53 
 
 
882 aa  135  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  35.42 
 
 
892 aa  134  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  36.4 
 
 
881 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  32.89 
 
 
926 aa  132  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  33.09 
 
 
875 aa  132  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  34.98 
 
 
968 aa  132  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01579  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 
889 aa  132  4.0000000000000003e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.419044  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  31.16 
 
 
874 aa  131  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1966  TonB-dependent receptor  30.74 
 
 
1240 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00321927  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  31.36 
 
 
875 aa  130  9.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  36.36 
 
 
1013 aa  130  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  29.83 
 
 
894 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  33.92 
 
 
918 aa  129  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  35.52 
 
 
887 aa  130  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  34.81 
 
 
908 aa  129  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  30.89 
 
 
919 aa  129  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 
967 aa  129  4.0000000000000003e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  35.14 
 
 
887 aa  129  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  29.67 
 
 
970 aa  129  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  37.88 
 
 
927 aa  128  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  32.83 
 
 
872 aa  128  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  35.96 
 
 
908 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  35.96 
 
 
908 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 
880 aa  127  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  32.52 
 
 
888 aa  127  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 
908 aa  127  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>