More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1263 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  100 
 
 
920 aa  1888    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  70.75 
 
 
923 aa  1391    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  53.83 
 
 
924 aa  972    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  49.74 
 
 
945 aa  872    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  38.92 
 
 
978 aa  565  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  35.06 
 
 
967 aa  559  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  36.4 
 
 
994 aa  548  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  36.45 
 
 
986 aa  537  1e-151  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  36.22 
 
 
1109 aa  531  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  36.58 
 
 
984 aa  525  1e-147  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  35.58 
 
 
1097 aa  525  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  35.88 
 
 
982 aa  521  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  35.88 
 
 
982 aa  521  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  35.98 
 
 
990 aa  522  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  36.28 
 
 
990 aa  515  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  35.34 
 
 
943 aa  501  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  35.64 
 
 
998 aa  502  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  35.13 
 
 
998 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  37.61 
 
 
914 aa  498  1e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  34.6 
 
 
998 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  35.22 
 
 
998 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  35.76 
 
 
1006 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  33.62 
 
 
998 aa  482  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  35.08 
 
 
1013 aa  482  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  34.75 
 
 
944 aa  480  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  36.22 
 
 
961 aa  473  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  33.94 
 
 
1008 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  35.35 
 
 
987 aa  468  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  33.75 
 
 
1035 aa  442  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  32.92 
 
 
1011 aa  429  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  33.16 
 
 
919 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02198  TonB-dependent receptor  32.5 
 
 
1048 aa  423  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.533301  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  32.03 
 
 
1074 aa  395  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 
951 aa  289  2e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 
951 aa  288  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  28.11 
 
 
951 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2831  TonB-dependent receptor  41.59 
 
 
1017 aa  281  4e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.312768  hitchhiker  0.00196838 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  27.86 
 
 
948 aa  280  7e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  38.89 
 
 
958 aa  268  2.9999999999999995e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 
894 aa  266  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 
875 aa  251  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 
927 aa  250  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 
872 aa  248  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  28.22 
 
 
906 aa  247  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 
869 aa  247  6.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1208  TonB-dependent receptor  26.49 
 
 
870 aa  246  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.888079  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 
915 aa  240  8e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0304  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 
880 aa  239  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 
874 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3520  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 
957 aa  235  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3041  TonB-dependent receptor  27.41 
 
 
931 aa  235  3e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  unclonable  0.00000614421  normal  0.287923 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1112  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 
874 aa  232  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00179427  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 
868 aa  221  7e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 
868 aa  217  8e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 
929 aa  208  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
967 aa  206  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 
881 aa  203  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  32.21 
 
 
984 aa  201  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 
958 aa  199  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 
938 aa  197  8.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 
922 aa  197  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 
943 aa  197  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  24.15 
 
 
1013 aa  189  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  25.4 
 
 
908 aa  188  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  23.92 
 
 
918 aa  186  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3426  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 
902 aa  184  5.0000000000000004e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0666258  normal  0.0471084 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2063  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 
945 aa  184  9.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154815  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  24.8 
 
 
946 aa  183  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  24.59 
 
 
934 aa  183  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 
994 aa  179  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 
936 aa  178  3e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  35.46 
 
 
961 aa  178  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 
936 aa  177  5e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 
906 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.79 
 
 
908 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  35.19 
 
 
934 aa  172  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 
885 aa  169  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  22.78 
 
 
959 aa  167  9e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  35.22 
 
 
878 aa  160  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4064  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 
836 aa  160  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.200466  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0696  hypothetical protein  24.06 
 
 
970 aa  159  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000664901  unclonable  0.0000000149874 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  23.42 
 
 
918 aa  159  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  37.09 
 
 
892 aa  159  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0181  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 
911 aa  158  4e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.331528  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  34.88 
 
 
878 aa  158  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  34.88 
 
 
878 aa  157  6e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  34.88 
 
 
878 aa  157  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  34.2 
 
 
918 aa  157  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2111  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 
917 aa  156  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00017  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 
1036 aa  154  5e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.000000000276656  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  34.96 
 
 
881 aa  150  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  38.61 
 
 
887 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  38.61 
 
 
887 aa  149  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1893  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 
941 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.175561 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1773  TonB-dependent receptor  32.48 
 
 
1047 aa  148  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.133871  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2207  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 
944 aa  147  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2652  3-dehydroquinate synthase  39.64 
 
 
1210 aa  145  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000360118  normal  0.0199769 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4006  TonB-dependent receptor  35.56 
 
 
984 aa  144  5e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000010552  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2523  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 
943 aa  144  6e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  37.78 
 
 
859 aa  144  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>