288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2296 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 934 aa  1902    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  36.72 
 
 		 951 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  36.72 
 
 		 951 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  36.72 
 
 		 951 aa  545  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  35.66 
 
 		 948 aa  519  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 958 aa  365  2e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 1097 aa  347  6e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  29.46 
 
 		 943 aa  337  7.999999999999999e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  28.34 
 
 		 919 aa  336  1e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  29.66 
 
 		 1109 aa  323  9.999999999999999e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 961 aa  320  7.999999999999999e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2921  TonB-dependent receptor  28.28 
 
 		 859 aa  287  8e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01644  TonB-dependent receptor  28.26 
 
 		 875 aa  285  4.0000000000000003e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.278221  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.13 
 
 		 915 aa  282  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 		 994 aa  282  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 945 aa  282  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 		 880 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 882 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 924 aa  267  7e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 885 aa  266  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2168  TonB-dependent receptor  27.09 
 
 		 868 aa  266  1e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2261  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 868 aa  263  8e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.342562  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  29.05 
 
 		 900 aa  262  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 904 aa  258  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  27.74 
 
 		 978 aa  257  8e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  28.6 
 
 		 888 aa  254  4.0000000000000004e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 		 964 aa  251  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 1074 aa  250  9e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 982 aa  249  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 982 aa  249  2e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0224  TonB-dependent receptor  26.35 
 
 		 918 aa  249  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.0000000414921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0292  TonB-dependent receptor  25.37 
 
 		 927 aa  248  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.73906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2160  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 922 aa  247  9e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000264875  decreased coverage  0.000300576 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  27.85 
 
 		 878 aa  245  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 881 aa  245  3.9999999999999997e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 967 aa  244  6e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 906 aa  244  6e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  27.85 
 
 		 878 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  27.91 
 
 		 878 aa  243  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1136  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 892 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0741  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 918 aa  241  4e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0701962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  26.23 
 
 		 987 aa  241  4e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  27.74 
 
 		 878 aa  241  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 		 908 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  28.04 
 
 		 998 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  27.92 
 
 		 998 aa  234  5e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  26.84 
 
 		 942 aa  232  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  26.34 
 
 		 908 aa  233  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2410  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 926 aa  229  3e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4091  outer membrane insertion C-terminal signal  26.16 
 
 		 919 aa  227  6e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.798393 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  25.77 
 
 		 908 aa  226  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  25.85 
 
 		 908 aa  226  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 		 961 aa  225  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 908 aa  224  7e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1998  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 936 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000232712  hitchhiker  0.00000422296 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 939 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1977  TonB-dependent receptor  27.35 
 
 		 936 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00176483  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 939 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 934 aa  219  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2288  peptidase M24A  26.02 
 
 		 927 aa  217  7e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000032845  unclonable  0.0000000380326 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  25.84 
 
 		 976 aa  213  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 1007 aa  212  3e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0288  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 929 aa  211  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 990 aa  209  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  26.8 
 
 		 954 aa  209  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 946 aa  208  4e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  26.65 
 
 		 945 aa  207  5e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 1006 aa  207  5e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 1016 aa  207  9e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 984 aa  204  8e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1850  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 1035 aa  203  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.922391  normal  0.182399 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  39.17 
 
 		 914 aa  201  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1115  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 943 aa  201  5e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 994 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0952  ribosomal protein L17  24.03 
 
 		 906 aa  197  8.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000237948  hitchhiker  0.00000537684 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1101  TonB-dependent receptor  36.82 
 
 		 1011 aa  196  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000197247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  24.73 
 
 		 918 aa  196  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  24.41 
 
 		 959 aa  194  5e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1397  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 1008 aa  190  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0795822  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 1010 aa  189  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  25.95 
 
 		 836 aa  189  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  24.41 
 
 		 960 aa  188  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  30.08 
 
 		 986 aa  186  2.0000000000000003e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2242  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 950 aa  184  5.0000000000000004e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  40.07 
 
 		 894 aa  183  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  34.8 
 
 		 998 aa  182  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  36.09 
 
 		 998 aa  182  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2991  hypothetical protein  24.42 
 
 		 1013 aa  181  4e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000283322  hitchhiker  0.000000325565 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  32.91 
 
 		 990 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4286  TonB-dependent receptor  36.77 
 
 		 1013 aa  180  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00048068  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3339  TonB-dependent receptor  32.21 
 
 		 921 aa  177  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000713907  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  35.62 
 
 		 998 aa  175  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1070  TonB-dependent receptor  31.93 
 
 		 912 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000299075  normal  0.0342154 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1264  TonB-dependent receptor  35.76 
 
 		 923 aa  172  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000254862  unclonable  0.0000000223641 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1263  TonB-dependent receptor  35.62 
 
 		 920 aa  171  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000516737  unclonable  0.0000000262574 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 984 aa  171  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2065  TonB-dependent receptor  23.56 
 
 		 963 aa  169  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  39.08 
 
 		 872 aa  168  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 906 aa  168  5e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1097  TonB-dependent receptor  37.58 
 
 		 869 aa  167  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>