More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1826 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1826  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 961 aa  1978    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000380617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2390  argininosuccinate synthase  31.72 
 
 		 1109 aa  374  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0671572  decreased coverage  0.00000572722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03899  TonB-dependent receptor  31.06 
 
 		 958 aa  364  5.0000000000000005e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2604  TonB-dependent receptor  30.4 
 
 		 951 aa  361  3e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.315963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2537  TonB-dependent receptor  30.4 
 
 		 951 aa  361  4e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2703  TonB-dependent receptor  30.48 
 
 		 951 aa  358  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.398074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3836  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 		 1097 aa  345  2e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.666807  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0238  TonB-dependent receptor  30.47 
 
 		 943 aa  336  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3686  TonB-dependent receptor  29.66 
 
 		 919 aa  330  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00016445  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3737  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 994 aa  329  2.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2296  TonB-dependent receptor  27.7 
 
 		 934 aa  320  9e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2694  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 		 945 aa  317  5e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00189695  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1397  nucleoside diphosphate kinase  29.04 
 
 		 986 aa  317  8e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.03521  decreased coverage  0.000000213589 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1144  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 998 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.503724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2610  TonB-dependent receptor  28.65 
 
 		 990 aa  314  4.999999999999999e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.108491  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1192  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 948 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.458083 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1313  TonB-dependent receptor, plug  29.94 
 
 		 978 aa  303  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.120074  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1399  TonB-dependent receptor  27.79 
 
 		 967 aa  301  4e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.11519  normal  0.0649195 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3052  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 		 914 aa  296  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00121145  hitchhiker  0.00160966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2924  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 875 aa  294  6e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.409448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2547  TonB-dependent receptor  27.33 
 
 		 924 aa  291  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000166222  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2209  outer membrane insertion C-terminal signal  28.51 
 
 		 908 aa  291  6e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.368358  hitchhiker  0.00248616 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3035  TonB-dependent receptor  28.95 
 
 		 892 aa  280  6e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000163798  decreased coverage  0.00000214604 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03903  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 1074 aa  279  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0914  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 		 987 aa  279  2e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2359  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 915 aa  278  3e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.975634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1840  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 		 880 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00015166  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1859  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 888 aa  276  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2502  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  28.18 
 
 		 968 aa  275  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0144507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1401  TonB-dependent receptor plug  28.99 
 
 		 878 aa  272  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2944  TonB-dependent receptor plug  28.89 
 
 		 878 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1603  TonB-dependent receptor  28.5 
 
 		 990 aa  271  4e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1693  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 1007 aa  270  8e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1410  TonB-dependent receptor plug  28.79 
 
 		 878 aa  270  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02805  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 984 aa  270  1e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1437  TonB-dependent receptor plug  28.79 
 
 		 878 aa  269  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3396  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 881 aa  269  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1508  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 958 aa  269  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000651564  unclonable  0.0000000259897 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0321  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 934 aa  267  5.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0815676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1787  TonB-dependent receptor  27.47 
 
 		 906 aa  266  8.999999999999999e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00241  TonB-dependent receptor  26.5 
 
 		 885 aa  266  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334138  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1289  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 978 aa  265  3e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.384181  normal  0.0181603 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2085  outer membrane insertion C-terminal signal  28.13 
 
 		 908 aa  264  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2300  outer membrane insertion C-terminal signal  28.23 
 
 		 908 aa  264  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.417684  normal  0.431246 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0682  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 908 aa  264  6e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000218654  hitchhiker  0.000000544353 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1888  TonB-dependent receptor, plug  27.32 
 
 		 942 aa  263  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03790  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 982 aa  263  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03792  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 982 aa  263  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4375  TonB-dependent receptor plug  27.23 
 
 		 998 aa  263  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000110993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2038  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 		 908 aa  261  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.130369  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2029  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 908 aa  259  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4082  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 904 aa  258  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2288  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 940 aa  258  5e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0286  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 		 976 aa  257  7e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1661  TonB dependent receptor-related protein  26.52 
 
 		 940 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.55964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2210  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 939 aa  254  8.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.922115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2134  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 		 939 aa  253  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1305  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 900 aa  252  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.988822 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0938  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 881 aa  251  7e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.268052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2312  1-(5-phosphoribosyl)-5-  26.79 
 
 		 941 aa  250  7e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191816  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3698  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 961 aa  249  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2407  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 984 aa  250  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000117567  normal  0.325532 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2720  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 1009 aa  250  1e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  unclonable  0.000000258905  normal  0.119134 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2708  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 882 aa  249  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0443118  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01881  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 1016 aa  248  3e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.529383  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2735  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 921 aa  248  4e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.692321  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3638  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 993 aa  248  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000344146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2942  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 		 887 aa  247  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201081  normal  0.230913 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0295  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 964 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.050609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3121  TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 887 aa  245  3e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1862  TonB-dependent receptor plug  25.84 
 
 		 947 aa  244  7.999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.248067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2079  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 994 aa  243  9e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000280363  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0993  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 946 aa  243  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.609458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0587  DEAD/DEAH box helicase-like  27.1 
 
 		 959 aa  240  8e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12613  normal  0.0122478 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3278  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 1006 aa  240  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000542759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1074  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 		 872 aa  238  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.834793  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1171  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 888 aa  238  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.527297  normal  0.739172 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3177  TonB-dependent receptor plug  28.54 
 
 		 998 aa  238  6e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0554366  normal  0.201208 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01879  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 938 aa  237  7e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3880  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 901 aa  237  7e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000233231  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1180  TonB-dependent receptor plug  28.68 
 
 		 998 aa  237  9e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000103368  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1213  TonB-dependent receptor plug  28.59 
 
 		 998 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0027404  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3024  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 874 aa  236  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.673188  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3514  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 874 aa  235  3e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1940  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 1010 aa  234  6e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0559  TonB dependent receptor-related protein  26.17 
 
 		 960 aa  233  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02628  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 967 aa  226  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2162  tonB dependent receptor-related protein  26.65 
 
 		 836 aa  224  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1021  TonB-dependent receptor  27.52 
 
 		 845 aa  224  8e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3318  Outer membrane receptor proteins mostly Fe transport-like  27.3 
 
 		 954 aa  222  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0120017  decreased coverage  0.00000382692 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1125  TonB-dependent receptor plug  28.08 
 
 		 944 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2085  TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 945 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000059831  decreased coverage  0.00000000324721 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1018  outer membrane insertion C-terminal signal  26.59 
 
 		 918 aa  216  1.9999999999999998e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3650  TonB-dependent receptor  26.69 
 
 		 1012 aa  213  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000400327  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3658  TonB-dependent receptor  38.73 
 
 		 894 aa  211  4e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000529839  normal  0.386646 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0253  TonB-dependent receptor  25.4 
 
 		 1011 aa  210  1e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0016718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1938  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 971 aa  206  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0886775  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3818  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 974 aa  204  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.003378  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1888  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 906 aa  203  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0505133  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02398  putative tonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 901 aa  202  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.835744  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>